独揽元廷大权的阿合马，刚愎自用，凡事独断专行，决策从不咨询中书省，从而激起儒臣及太子真金的强烈反对。

1276年，中书省左丞张文谦见阿合马总司财赋，不谘会中书省，便奏报忽必烈道：“分制财用，古有是理。中书不预，无是理也。若中书弗问，天子将亲莅之乎？”忽必烈认为张文谦言之有理，使阿合马的阴谋未能得逞。

从此，张文谦自知为阿合马所嫉，力求离开御史台。1267年降职为参知政事，至1270年，改任大司农卿，估计与阿合马的弹劾有关。

1261年，中书省平章政事廉希宪在按察司废立问题上，曾与阿合马发生过激烈的争执。阿合马认为：“庶务责成各路，钱谷付之转运，必绳治若此，胡能办事？”廉希宪毫不示弱，据理力争道：“立台察，古制也。内则弹劾奸邪，外则察视非常，访求民瘼；裨益国政，无大于此者。如阿哈玛特（阿合马）所言，必使上下专恣，贪暴公行，事岂可集耶？”阿合马被驳斥得无言以对。

当廉希宪罢相居家时，阿合马乘机污蔑廉希宪每天与妻子儿女欢宴取乐。幸好忽必烈深知廉希宪清寒苦贫，无资设宴，阿合马的污蔑没有给廉希宪带来负面影响。几年后，廉希宪自江陵行省归京，忽必烈想委任他为首任门下省长官侍中，因阿合马从中作梗，未能如愿。

1265年，藩邸理学家群的领袖许衡主张以仁义为本，竭力反对言利理财，阿合马升任平章政事不久，许衡便上疏议论朝政，特别强调为君者要警惕那些心险术巧、善于“窥人君之喜怒而迎合之，窃其势以立己之威，济其欲以结主亲”的奸诈小人，以免造成“爱隆于上，威擅于下，大臣不敢议，近亲不敢言，毒被天下而上莫之知，至是而求去之亦已难矣”的被动局面。当阿合马欲让其子出任枢密院佥事而典兵柄时，许衡立即向忽必烈上奏道：“国家事权，兵民财三者而已。今其父典民与财，子又典兵，不可。”忽必烈反问道：“卿虑其反邪？”许衡回答说：“彼虽不反，此反道也。”阿合马得知后，当着忽必烈的面质问许衡：“君何以言吾反？”许衡答道：“吾言前世之反者，皆由权重。君诚不反，何为由此道？”阿合马阴险地反咬一口：“君实反耳。人所嗜好者，势力、爵禄、声色，君一切不好，欲得人心，非反而何？”许衡回答得掷地有声：“果以君言得罪，亦无所辞。”为此，阿合马怀恨在心，先是“亟荐（许）衡宜在中书，欲因以事中之”。许衡觉察其阴谋，遂“以老疾辞中书机务” ，不久被任命为集贤大学士兼国子祭酒。奸诈卑鄙的阿合马竟然以破坏国子学的后勤供应为手段，达到既摧毁汉法，又报复许衡的目的，此即史书所载：“权臣屡毁汉法，诸生廪食或不继，（许）衡请还怀。”

1278年四月，中书左丞崔斌弹劾阿合马。为平息公愤，忽必烈下旨“并罢黜之”。不久，又都官复原职。而弹劾阿合马的崔斌则被贬为江淮行省左丞，崔斌到任后，“凡前日蠹国渔民不法之政，悉厘正之，仍条具以闻”。不久，被阿合马污以“盗官粮四十万，及擅易命官八百余员”的罪名处死。一同被杀的还有行省平章阿里伯、右丞燕帖木儿。身在东宫的太子真金，“闻之，方食，投箸恻然，遣使止之，已不及矣”。

有关阿合马的作恶多端，《马可·波罗游记》中毫不夸张地记载：

他约有二十五个儿子，全都身居要职。有些还仗着父亲的权势，也犯下了和父亲同样的罪恶，甚至其他更可耻的罪恶。同时阿合马又积蓄了大量的金银财宝，因为凡想要当官的人，都必须送他大量的钱财。

阿合马掌权日久，益肆贪横，援引奸党，骤升同列，阴谋交通，专事蒙蔽，通赋不蠲，众庶流移，京兆等路岁办课至五万四千锭，犹以为未实，如此狂征暴敛，搞得民不聊生，致使天下沸反盈天。

阿合马在元廷的威望日隆，益肆贪横。援引奸党郝帧、耿仁、骤升同列，阴谋交通，专事蒙蔽。阿合马多智巧言，以功利成败自负，颇能迷惑一些人的心智。忽必烈急于富国，遂加重用。又见他屡次与丞相史天泽争论不休，阿合马占据上风，因此日益信任他。

洛阳宿卫士秦长卿，曾愤然上书忽必烈，揭露阿合马为政擅权杀人，并说“观其禁绝异议，杜塞忠言，其情似秦赵高，私蓄逾公家资，觊觎非望，其情似汉董卓”，“请及未发诛之为便”。阿合马听说后，任秦长卿兴和宣德同知铁冶事，然后诬以折阅课额数万缗，将他逮捕入狱，籍没其家产偿官，并派人转告兵部尚书张雄飞说：“诫能杀此三人，当处以参政。”张雄飞拒绝道：“杀人以求大官，吾不为也。”阿合马怒气冲天，贬张雄飞为澧州安抚使，累迁御史中丞，行御史台事，并指使狱吏将秦长卿等人杀死狱中。

马可·波罗无不用惊诧的口吻说：阿合马独揽所有罪犯的判罚和所有政府官员的升迁。每当他想把他所恨的人置于死地时，或是经过审问，或是不经过审问，就对大汗（忽必烈）说：“这样的一个人真该死，因为他曾做了这样或那样的事，冒犯了圣上。”这时大汗必定会说：“按你的意思去办吧。”于是阿合马便马上处死那个人。

如果谁被阿合马在忽必烈面前污蔑犯下弥天大罪，即使想为自己洗清冤屈，也无法提出确凿的证据，在阿合马的淫威下，致使许多忠臣良将含冤而死，造成朝中百官互相用眼神表示不满，再也没人敢站出来做证。另外，还有一些人莫名其妙地失踪了，被以一种变态的方式除掉了，正如阿合马死后在他府邸中发现的那样。

阿合马专权纳贿，敲剥搜刮，世人皆曰可杀，唯有忽必烈对其信任有加，深信不疑。凭借忽必烈的信任和已经羽翼俱丰的权势，阿合马在各地强占民田，掠为己有。他拥权经商，在家中设“总库”，号称“和市”，四方牟利。他家中仅良马就有八九千匹，培植党羽多达七百一十四人，珍珠宝石不计其数。对于女人，他更是胃口大开。

马可·波罗在游记中描述道：此外，如有漂亮的妇女被他看中，没有一个能逃出他的魔掌。如果是未出嫁的姑娘，阿合马便可以强迫娶来，不然也要强迫她遵从自己的意思。当阿合马听说某人有一个美丽的女儿时，他手下的爪牙就会对她父亲说：“你这个漂亮的女儿，如嫁给阿合马，他让你当三年大官。你觉得怎样？”这个人只好忍痛舍弃自己的女儿。然后，阿合马便来到大汗面前说道：“某个地方出缺，或某日将出缺，某人担当这个职务最适当。”大汗一定回答道：“你以为怎样好就怎样做吧。”于是，这个女儿的父亲，便马上被任命去主持这个地方的政务。如此一来，许多美丽的女子或因为自己父母的野心，或因为对他的恐惧，一个一个都做了阿合马的妻妾或情妇。根据波斯史学家拉施特记载，阿合马一共有五十名妻子和四百多个侍妾。四五百美女，日御一人，阿合马一年也轮不过来。

卤水点豆腐，一物降一物。尽管阿合马在元廷飞扬跋扈，但只惧怕一人，那就是汉法派的代表人物太子真金。真金自幼接受汉族儒臣的教诲，性格温厚，甚至对下人也绝不高声大气，颐指气使。但对阿合马的所作所为极为不满，素“恶其奸恶，未尝少假颜色”，曾当着忽必烈的面用弓殴伤阿合马的脸，并再次对他拳打脚踢。鉴于此，阿合马最忌惮太子真金。

但是，依仗忽必烈作为后盾，真金太子不敢拿阿合马如何，最多是“恶其奸恶，未尝少假颜色”。

拉施特谈及太子真金与阿合马的关系时写道：汉人异密们由于嫉妒而仇视。真金也对他没有好感，甚至有一次用弓打他的头，把他的脸打破了。当他到了合罕处，合罕就问道：“你的脸怎么啦？”他回答道：“被马踢了。”真金在场，他就生气地说：“你说得无耻，真金打的。”还有一次，他当着合罕的面狠狠地用拳头打了他。阿合马一直都怕他。

但阿合马的聚敛政策完全符合忽必烈的胃口，忽必烈并没有因为太子真金的不满而降低对阿合马的信任度。

连忽必烈较为器重的怯薛执事宝儿赤（掌烹饪饮食者）答失蛮，乘“侍上左右”之机，抨击阿合马蠹政病民，忽必烈严厉制止道：“无预若事。”