蒙古与朝鲜是明朝对付后金的左膀右臂，皇太极在消除蒙古的威胁后，实力与信心大增，于是，皇太极做出了一个重大决定，建国称帝。

崇祯九年（1636）四月，皇太极在沈阳登基称帝，改沈阳为盛京，国号大清，年号崇德，正式与明朝分庭抗礼。

皇太极称帝后，改族名女真为满洲，他建立的大清历史上也称清朝。

深受汉文化熏染的皇太极也学汉人分封诸王。资格最老也比较听话识时务的大贝勒代善终于活到了大分封时代，也是第一个被封王的人。两黄旗旗主皇太极封正红旗旗主、大贝勒代善为和硕礼亲王。皇太极的铁杆心腹镶蓝旗旗主、贝勒济尔哈朗第二个被封，皇太极给济尔哈朗的封号是和硕郑亲王，正白旗旗主、贝勒多尔衮封和硕睿亲王，镶白旗旗主、贝勒多铎封和硕豫亲王，正蓝旗旗主、贝勒豪格封和硕肃亲王，镶红旗旗主代善的儿子、皇太极的亲信岳托受封和硕成亲王。

皇太极首批封的6个亲王全是八旗旗主，皇太极拥有两黄旗，6个亲王一人一旗。八旗是大清的主力部队，八旗旗主的位置决定了大清内部的力量对比。

皇太极接班以来在对八旗旗主人选的安排上很是动了一番脑筋。努尔哈赤去世前不久已经把镶白旗旗主杜度调到镶红旗，准备将镶白旗给多尔衮，但还来不及做安排就死了。他一咽气，几个年龄较大的儿子联合起来逼死了多尔衮三兄弟的生母大福晋阿巴亥，皇太极即位后乘机夺了镶白旗，让自己的长子豪格做旗主。但多尔衮保住了所领的15牛录归附在阿济格的正黄旗旗下。女真人以黄色为尊，皇太极就将原来的正黄旗和镶黄旗改为镶白旗和正白旗，而他所领的两白旗就成了两黄旗。阿济格领镶白旗，多铎领正白旗。

阿济格、多尔衮、多铎三兄弟虽然年幼但实力雄厚，因为年幼反而容易笼络控制，还可以用来制衡三大贝勒。阿济格在三人中军功最高，脾气也最大莽撞，而容易冲动，所以皇太极在第二年找了一个借口撤了阿济格的旗主，改由多尔衮领镶白旗。

皇太极在随后不到两年的时间里先后将阿敏和莽古尔泰赶下台，以听话的亲信济尔哈朗取代阿敏掌握镶蓝旗，莽古尔泰暴毙后其同母弟德格类领正蓝旗，但德格类不久也突然死亡，皇太极以莽德姐弟三人谋反为名，吞并了正蓝旗，将正黄旗和正蓝旗混编后一分为二，组成新的正黄旗和正蓝旗。皇太极亲自统领正黄旗、镶黄旗，以豪格统领正蓝旗。为了巩固地位，皇太极在称帝后的第二年就找借口把多尔衮和多铎的两白旗混编，以多尔衮为正白旗旗主，多铎为镶白旗旗主。

皇太极在封了6个旗主亲王后，又封了3个郡王：多罗武英郡王阿济格、多罗安平郡王杜度、多罗饶馀郡王阿巴泰。3位郡王的政治地位比6个亲王要低很多，封郡王也是比较合适的安排。皇太极这么做也是在学明朝，明朝的王就是分两等——亲王、郡王。

接下来，皇太极对归顺的蒙古首领、汉人将领也封王，但满人的王跟蒙古、汉人的王还是有区别的——满洲的六大亲王可以世袭为王；而蒙古、汉人的王，虽然也可以世袭，但传一代降一级，直至降到底。

蒙古科尔沁部首领巴达礼封和硕土谢图亲王、蒙古科尔沁部首领吴克善就是后来那个孝庄太后的哥哥封和硕卓礼克图亲王、林丹汗的儿子固伦额驸额哲为察哈尔亲王。

皇太极时代汉人封王的只有3个，就是“山东三矿徒”：孔有德、耿仲明、尚可喜。孔有德封恭顺王、耿仲明封怀顺王、尚可喜封智顺王。

3人虽然封王，但政治地位仅相当于满人的郡王，毕竟是汉人，跟满人比不了，但皇太极对3人也有不少特殊的照顾，满人的亲王、郡王，没有皇太极的命令不准轻易离开京城，这3位却有自己的驻地，不必待在京城，在兵权、土地上也有相当大的独立性，已经有了三藩的雏形。

孔有德、耿仲明、尚可喜虽然都是王，政治地位、待遇也有差别，在奏章行文上就能看得出来，排在第一、地位最高的是孔有德，排第二的是耿仲明，第三尚可喜。孔有德是都元帅，官比耿仲明、尚可喜的总兵要大，排第一很正常，耿仲明跟尚可喜都是总兵，但耿仲明比尚可喜早来，尽管只早来那么几天，但论资排辈人家就比你资格老。