蒙古察哈尔部的由来还要从成吉思汗说起。1211年，成吉思汗对金发动战争前夕，将派往金朝传达檄文的使臣称为“察哈尔火者”，“察哈尔”这一名称正式出现在历史记录中。成吉思汗成为蒙古大汗后﹐从各部贵族子弟和军队精锐中抽调精兵，建立了一支1万人的卫队，叫“怯薛”﹐是当时最精锐的蒙古部队。怯薛分四番入值﹐护卫大汗。

根据蒙古人幼子守灶的传统（即家族由最小的儿子继承），成吉思汗生前把自己的大部分家人和以“察哈尔”命名的怯薛中的卫士赐给幼子拖雷，这部分人及其后裔在以后的700多年中成为“黄金家族”的军事护卫和行政管理者。拖雷妻子掌管“黄金家族”时，她自己的两个儿子蒙哥和忽必烈先后成为蒙古大汗。就是因为她掌管着察哈尔，拥有强大的军事实力。

随着元朝的建立，作为蒙古国代表的元帝国（元朝皇帝同时也是蒙古大汗）仿唐宋官制，军事护卫转入禁军制度，怯薛在军事上的作用逐渐弱化，慢慢地转为只对家族进行护卫的“察哈尔”。元朝在中原的统治被推翻后被迫北迁，蒙古中央汗廷和“黄金家族”的权威衰落，蒙古贵族为巩固昔日大汗的正统地位，激励蒙古大汗身边护卫军的士气，开始使用成吉思汗时代出现的“察哈尔”一词来命名护卫大汗的军队和部落。从此“察哈尔”一词名扬天下，察哈尔成为蒙古大汗的直属部落，如同成吉思汗直系后裔被后人尊奉为“黄金家族”一样，察哈尔部落也成为蒙古各部最尊贵的部落。

明朝时，瓦剌部落兴起，开始挑战“黄金家族”的权势。双方进行了半个世纪的战争。1433年，瓦剌首领脱欢自任“太师”，在今乌拉特前旗乌拉山附近袭杀阿岱大汗。1449年，脱欢的儿子也先率领瓦剌南下，也先在土木堡击败明军，这就是“土木堡之变”。也先得势后将其父扶持的“黄金家族”成员脱脱不花大汗废黜，于1453年自称天盛大汗。

1454年，也先被脱脱不花大汗的支持者起兵杀死，瓦剌势力瓦解。此后，蒙古各部为争夺蒙古高原霸主互相攻杀。蒙古的统治核心多次发生政变和内讧，“黄金家族”的权威再度衰落。

这时，一个奇女子满都海出现，改变了蒙古的历史。

满都海·彻辰生于1448年，父亲是土默特恩库特部的丞相。满都海自幼习文练武，才能出众，心怀壮志，对蒙古各部的相互攻击十分不满，她渴望恢复成吉思汗时代的荣光。当白发苍苍的北元可汗满都古勒向她下聘礼时，满都海毫不犹豫就答应了。

满都海嫁与满都古勒汗时，只是小哈屯（小夫人，即侧室），但满都海组织才能出众，逐步让大汗的直系部众效忠于自己，直到继承了大汗直系部众的管理权。

当时，中国北方的蒙古草原各部相互之间战争不断，百姓苦不堪言。地处西部的瓦剌对汗廷虎视眈眈，而汗廷与明朝也经常发生小规模战争。

在内忧外患中，满都古勒汗去世，汗位的继承成了焦点。谁能与掌握大汗直系部众的满都海结婚，谁就能当蒙古大汗。围绕大汗的继承，各政治派别展开了激烈的斗争，科尔沁的乌讷博罗特王是最具竞争力的人，他开始向满都海求婚。但乌讷博罗特王不是成吉思汗后裔，于是满都海怒斥了乌讷博罗特王，下嫁给年仅7岁的汗位继承人巴图蒙克，并辅助巴图蒙克顺利即位。巴图蒙克就是后来的达延汗。

当时汗廷和“黄金家族”没有军事护卫，满都海将成吉思汗时代就已经出现的“察哈尔”这一光荣的称谓赐予蒙古大汗身边的护卫和部众，正式确定察哈尔部落为大汗的直属中央部落。从此察哈尔成为蒙古大汗直属部落，蒙古众部落之首。达延汗将蒙古分为6个万户，察哈尔被封为“中央万户”，由大汗亲自统领。这大大加强了汗廷的权威，使“黄金家族”在忠诚的察哈尔部落支持下延续下来。

1604年，达延汗的七世孙13岁的林丹继承第三十五任大汗，即林丹汗。

当时，蒙古诸部各自为政，蒙古大汗实际只能控制察哈尔部，漠北的外喀尔喀部甚至在名义上都不承认蒙古大汗，蒙古内外交困，处境艰难，林丹汗就是在这种背景下即位的。

林丹汗即位之初，很想振兴蒙古，有一番作为，他在巴林部境内的阿巴噶哈喇山修建瓦察尔图察汉浩特城作为蒙古的政治中心，让蒙古各部首领定期到察汉浩特朝会，增强大汗的权威。林丹汗还极力推广前任图们汗制定的法典来约束诸部，使许多部落重新听命于大汗。

林丹汗做得最好的是加强了对内喀尔喀巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特五部的控制。

后金坐大后，在发动对明朝的战争的同时，也开始挖蒙古的墙脚，这让林丹汗感受到了来自后金的威胁。明朝在全力对付后金的同时，也希望改善与蒙古的关系，在共同的敌人后金面前，明朝与蒙古都有意改善双边关系，双方一拍即合。敌人的敌人就是朋友，蒙古在与明朝对抗200多年后握手言欢。此后，蒙古与明朝联合，共同对付后金。

明朝与蒙古达成协议，明朝每年给蒙古白银4万两，蒙古在明朝受后金威胁时，派兵协防帮助明军。

1619年七月，努尔哈赤攻打铁岭时，驻守铁岭的明军势单力薄，派人至察汉浩特，向林丹汗求援。林丹汗命内喀尔喀五部弘吉剌特鄂托克齐赛诺延、札鲁特鄂托克巴克、色本以及科尔沁明安诺延之子桑噶尔寨台吉等领兵1万救援铁岭明军。蒙古援兵乘夜色到达铁岭城下时，努尔哈赤已攻克了铁岭。他得知蒙古援军兵临城下，便指挥诸贝勒出城交战。齐赛诺延率领的蒙古军队，经不起数量上占优势、斗志旺盛的后金军的猛攻，败下阵来，夺路而逃。后金军紧追不舍，俘虏了齐赛诺延、巴克、色本、桑噶尔寨等台吉。后来内喀尔喀用了1万多头牲畜才将人赎回来。

铁岭战役后，努尔哈赤频繁派人到内喀尔喀，要他们与后金盟誓修好，共同对付明朝。努尔哈赤与内喀尔喀建立同盟的目的是离间内喀尔喀与林丹汗的关系。

十一月，在内兴安岭的色特尔黑，内喀尔喀五部部分台吉与努尔哈赤的使臣设酒盟誓。

1621年十一月，内喀尔喀五部的古尔布什、莽果尔二台吉率领所属600户归附后金。努尔哈赤设大宴迎接，并将松古图公主嫁给了古尔布什台吉。

努尔哈赤得到辽阳和沈阳后，于1622年大举进攻广宁，王化贞仓皇弃城逃走。林丹汗派出的1万蒙古援兵到广宁时，广宁早已失陷。蒙古兵随即帮助明军守卫山海关，在蒙古与明朝通力协作，令后金不得不有所忌惮，被迫放缓了对明朝的进攻。

明朝在抗金前线可以得到实际帮助的盟友就是蒙古，确切地说是察哈尔部，因为朝鲜的军力太弱，只能在道义上声援明朝，朝鲜在军事上最大的价值是支持东江明军，而对后金具有威胁的只有蒙古。

努尔哈赤也深知这一点，对蒙古他又恨又怕，但他也不敢两面作战。在与明朝开战的情况下，对蒙古只能采取挖墙脚的办法，通过联姻、贿赂等方式对蒙古外围的小部落进行渗透。

林丹汗是令努尔哈赤畏惧的对手，但关键时刻，林丹汗却犯了许多大错。第一个欠考虑的就是突然改变宗教信仰，在西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图的劝说下，林丹汗让崇信格鲁派（藏传佛教的一支，尊崇达赖和班禅）的蒙古大众改信宁玛派（藏传佛教的另一支）。格鲁派经土默特部首领俺答汗引进后在蒙古经过数十年的传播，已经根深蒂固，林丹汗突然改宗，引起蒙古其他部落不满。而后金则适时打压萨满教，而让后金部众全部改信格鲁派，使信奉格鲁派的蒙古部落开始亲近后金，疏远林丹汗。

努尔哈赤通过联姻拉拢内喀尔喀，内喀尔喀与后金通婚引起了林丹汗的疑心。林丹汗严厉指责并出兵威胁，结果左翼内喀尔喀大臣干脆率领内喀尔喀部众投奔努尔哈赤。而平时与林丹汗不和的乌珠穆沁、苏尼特、浩齐特等属于察哈尔的小部落也离开林丹汗投奔漠北外喀尔喀。1624年，与林丹汗的察哈尔部关系最为紧张的科尔沁部干脆抛弃林丹汗，与努尔哈赤结盟。

面对东部部落的背叛，林丹汗做出了西征的决策，这是他犯的最大的一个错误。1627年，林丹汗在左翼众叛亲离下率数万部众踏上西迁之路，以避后金兵锋。林丹汗以秋风扫落叶之势击溃了右翼元上都的哈喇慎部和归化城的土默特部。但其留守于东部的苏尼特、乌珠穆沁、浩齐特、克什克腾、敖汉、奈曼等察哈尔部被后金先后征服。

林丹汗的西征，使明朝在塞外失去了一个重要的盟友，北部边防直接暴露在后金面前，后金这才有机会进行他们的迂回入边。

西迁的林丹汗，在征战中得罪了大多数西部蒙古部落，同时也失去了对东部蒙古部落的统治，使他日益陷入孤立，离振兴蒙古的梦想越来越遥远。

皇太极上台后，加紧了对蒙古各部的拉拢控制，皇太极软硬兼施拉拢并征服了察哈尔部外围的内喀尔喀（巴林、扎鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特）和科尔沁部，使素来强大的察哈尔部的力量大为削弱。于是皇太极将锋芒直指察哈尔部。

1627年十二月，察哈尔阿喇克楚特部长多尔济伊勒登、安班和硕齐、扣肯巴图鲁、昂坤杜棱等台吉，也先后率部依附皇太极。

皇太极数次派人策动喀喇沁部归顺后金，但使臣均被察哈尔所属多罗特部斩杀。1628年二月，皇太极以使臣被杀为由，亲自率领精锐之师征战察哈尔。皇太极命其弟多尔衮和多铎贝勒为先锋，率精兵先进。多尔衮探知多罗特部青巴图噜塞棱及其部众在敖穆伦住牧，于是合兵袭击了敖穆伦，多罗特部多尔济哈坦巴图噜受伤遁走，台吉固噜被杀，其部众万余人被皇太极俘获。

皇太极与喀喇沁通使，进兵察哈尔，杀掠了多罗特部。于是，林丹汗兴师进抵喀喇沁部所在地，以武力裹走了喀喇沁苏布地塔布囊及其弟万丹伟征所属户口牧产。喀喇沁拉斯喀布汗与土默特、鄂尔多斯、阿苏特、永谢布的部分台吉联合，攻打了驻守赵城（在呼和浩特城一带）的林丹汗的一支军队。1628年七月，喀喇沁部首领派4名喇嘛与皇太极的使臣，刑白马乌牛盟誓，归顺了皇太极。

趁此机会，皇太极决定第二次征察哈尔林丹汗。1628年九月，皇太极派巴克什和希福传令西北归顺的外藩蒙古各部率领所属兵马到约定地点，征察哈尔林丹汗。敖汉部长索诺木杜棱、奈曼部长衮楚克巴图鲁会于都尔弼城；内喀尔喀诸贝勒所率兵马会于辽阳城；喀喇沁和科尔沁部会于绰罗郭勒。皇太极统领大军乘夜攻入察哈尔部的锡尔哈锡伯图、英汤图等地，俘获了很多人畜。科尔沁台吉满珠习礼及巴敦力战察哈尔部众，将抢来的战利品献给皇太极。皇太极分别赐二人“达尔汉巴图噜”和“达尔汉卓哩克图”。只有科尔沁部长奥巴不忍心杀掠察哈尔，与其弟布达齐率部抵达察哈尔边界，虚张声势而还。皇太极也只是罚了他们骆驼10峰、马100匹。此时，后金还在拉拢蒙古各部，并不想把蒙古人逼急了。

皇太极对收服蒙古各部表现得很有耐心。

1630年十一月，阿鲁科尔沁部长达赉楚琥尔、四子部落台吉伊尔扎布墨尔根台吉、阿鲁伊苏特部台吉齐桑达尔汉、噶尔玛伊勒登等各率所部先后归顺了皇太极。皇太极将他们安置在西拉木伦河北岸游牧。

1631年十一月，林丹汗率兵到达阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极亲率2000名精锐骑兵闻讯赶来，林丹汗早已越兴安岭而去。

1632年三月，皇太极决定第三次远征察哈尔林丹汗，传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的部长台吉会于西拉木伦河岸，总兵力10万。四月下旬，皇太极率领大军越过兴安岭，驻守都埒河。当夜，镶黄旗两个蒙古人偷马逃出，将大军压境的消息报告给林丹汗。林丹汗欲率部撤至漠北喀尔喀，但喀尔喀三汗与他不和。于是林丹汗率领10万之众，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河到达鄂尔多斯。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，五月下旬进驻呼和浩特，得知林丹汗已南渡黄河而去，才停止追击，经宣府、张家口返回，途中收拢了林丹汗部众数万人。

林丹汗在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的“林丹巴图鲁汗”，带领察哈尔、鄂尔多斯部众，西渡黄河至大草滩。林丹汗在大草滩永固城一带拥众落帐，等待时机，重整旗鼓，准备东山再起。一向坚决支持林丹汗的漠北喀尔喀却图台吉于1634年年初，率所部4万人，直奔大草滩与林丹汗会合。

1634年夏，林丹汗不幸因病去世。林丹汗的妻子苏泰与林丹汗的儿子额尔克孔果尔额哲率领察哈尔和鄂尔多斯部众自大草滩返回鄂尔多斯。喀尔喀却图台吉率部进入青海。

林丹汗病故后，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，前往鄂尔多斯寻找林丹汗子额哲。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的妻子囊囊，得知额哲所在地。四月二十日，渡过黄河，至托里图找到了额尔克孔果尔额哲。后金将察哈尔部安置在义州，分设左右翼察哈尔八旗，封林丹汗子额哲为蒙古亲王，并将马喀塔格格嫁给额哲，设都统和副都统管理察哈尔。

1636年三月，漠南蒙古16部49个大小首领齐聚沈阳，拥护皇太极为蒙古可汗，尊皇太极为“博格达彻辰汗”。皇太极终于消除了后金在塞外最大的威胁，解除了后顾之忧。

蒙古的向背，在很大程度上决定了明朝与后金的力量对比，双方谁能争取到蒙古，谁就在对抗中占据优势，而随着蒙古的衰落，蒙古各部先后投靠后金，明朝失去了在塞外牵制后金的得力战友。