明朝还在纠结是先打农民军还是先打八旗军，皇太极却不给大明休整的机会，再次对明朝的盟友下手，这次的目标是朝鲜。大明已经失去了蒙古这一强悍的战友，但皇太极仍不肯罢手，又向大明的小兄弟朝鲜下手了。皇太极摆明了是一心要剪除大明的左膀右臂。

1627年，皇太极曾派二贝勒阿敏东征朝鲜，迫使朝鲜与后金订立“兄弟之盟”，但朝鲜仍心向大明。朝鲜与后金的关系也一直不咸不淡。皇太极登基前后，双方矛盾再次激化，孔有德、耿仲明从登莱叛逃突围出来后打算渡海投降后金。当时朝鲜应明朝的要求，派朝鲜水军在海上拦截，配合明朝水军围歼叛军。虽然后来未能全歼敌军，但也令孔有德、耿仲明损失惨重，这些人到了后金，自然要向新主子皇太极告状。

崇祯九年（1636）年初，皇太极称帝前，曾派使团去朝鲜，希望朝鲜能派人去沈阳参与劝进、捧场。皇太极也是一个爱面子的人，但朝鲜君臣一听就炸了锅，朝鲜君臣表示朝鲜只认一个天子，那就是大明天子。朝鲜国王在群情激奋的大臣们的支持下也难得地强硬了一回，连后金的使臣也不见。后金使团灰头土脸地回去向皇太极复命，朝鲜的态度令皇太极大为恼火。

崇祯九年（1636）十一月二十九日，皇太极在历数了朝鲜的种种“罪状”后，宣布出兵讨伐朝鲜。皇太极令心腹和硕郑亲王济尔哈朗留守沈阳，他亲自指挥12万大军，兵分两路进攻朝鲜。

皇太极亲自率领右路军，多尔衮和豪格率领左路军。满洲八旗、蒙古兵、汉军，新归附的孔有德、耿仲明、尚可喜所部悉数参战，清军主力倾巢而出，如此大规模的出动，显然皇太极的胃口不止一个朝鲜。

清军先锋马福塔率领300人化装成商人直奔汉城，多铎和硕托则带1000人在其后增援，再后是岳托和扬古利的3000骑兵。清军迅速渡过鸭绿江，过江之后并不恋战，也不攻城，而是长驱直进，兵锋直指朝鲜王京汉城。清军进兵神速，马福塔从出发到朝鲜王京，只用了11天，朝鲜方面直到前两天才得知清军来攻的消息。

起初，朝鲜国王李倧不愿躲入江华岛，防止重蹈孤悬一岛的覆辙。十二月十四日，开城守将报告清军已过开城，即将兵临王京，李倧不得不把妃嫔和部分大臣送往江华岛。当天晚上，国王李倧正准备撤离，刚走到城门，就听说清兵已到城下，城出不去了，只能派兵迎战。马福塔虽然只有300人，但却是八旗精锐，其中有据说曾一箭射死一只熊的大将吴拜和有“巴图鲁”称号的劳萨，出城朝军虽然人数众多但战斗力不强，很快被清军击溃。汉城顿时大乱，城中哭声震天。

当日深夜，朝鲜国王李倧率领军民退入南汉山城。南汉山城原来是土城，光海君为防后金，将土城改建成石城。李倧即位之初，又派人历时两年扩建加固。马福塔听说李倧逃走，率兵直接爬上王京城墙，朝军不敢抵抗，纷纷逃窜，马福塔率兵穿城而过，一口气追击四十里，直追到城下，将南汉山城围困起来。其实，也谈不上围困，因为马福塔只有300人，此时，朝军却有18000人。

十二月十六日，多铎、岳托率领的部队才赶到城下。朝鲜君臣只能困守山城等待援兵。

十二月二十九日，皇太极率大军到达南汉山城。此前，多铎等人已经3次击退朝军的援兵，并且两次把出城朝军杀了回去。第二天，清军占领汉城在城内大肆抢掠，朝鲜王京陷落，南汉山城成为孤城。

早在多铎围城时，双方就开始了谈判，清军的要求很简单，主动称臣，出城投降才可议和。这种亡国之辱让朝鲜君臣难以接受，谈判一直陷入僵持。皇太极派人催孔有德、耿仲明、尚可喜三王火速运红夷大炮来南汉山城。

崇祯十年（1637）正月初四，“山东三矿徒”携带火炮抵达前线。正月初十，左路军在多尔衮、豪格率领下也来到城下与皇太极的右路军会师。皇太极决定先攻江华岛迫使朝鲜君臣屈服，清军日夜伐木赶造小船80艘。正月二十二日，多尔衮率兵攻岛。先以大炮临江齐发，当时朝鲜水军有战船100余艘，但清军船虽然小但船上的火炮威力巨大，红夷大炮一轮接一轮地猛烈炮轰，加上清军小船灵活机动，朝军很快溃散。多尔衮率兵顺利登陆江华岛，朝鲜军在岛上只有步兵1000余人，很快被清军击溃。朝鲜大臣在接阵之前引燃大量火药自杀，导致门楼被炸飞。李倧的王妃和两个儿子做了清军的俘虏。在岛上的朝鲜王室悉数被俘，清军占领江华岛。

清军架起红夷大炮轰击南汉山城，山城多处城墙被轰塌。李倧终于见识了火炮的威力。之前八旗军只有弓箭，尚且很难对付，如今有了大炮，就更难抵挡了。

崇祯十年（1637）一月二十八日，皇太极致书李倧，正式提出将朝鲜纳为藩属的要求——朝鲜奉清朝正朔，断绝与明朝的关系；朝鲜送世子及王宫百官之子到沈阳做人质；朝鲜应贡献“岁币”；等等。朝鲜国王李倧被迫答应了皇太极的要求。

一月三十日，英俄尔岱和马福塔来到南汉山城外，催促李倧出城投降。走投无路的朝鲜国王李倧穿着蓝衣、骑着白马，尽去国王仪仗，只带50名侍从，与世子从西门出城向清军投降。朝鲜文武百官在门内捶胸痛哭。

朝鲜国王李倧与世子出城不久，数百清军骑兵便疾驰而来“迎接”。英俄尔岱安慰李倧：“两国现在是一家人，有什么担心的？”离城5里，李倧就下马步行而前，到受降仪式现场，李倧伏地请罪，并行三跪九叩大礼。皇太极安排李倧在左面下首第一个坐定，放出在江华岛被俘的王妃及王子，亲人相见，抱头痛哭。

在席间，清人宣称各自展示所长，强迫文弱的李倧及一班文臣比试射艺，结果朝鲜人五射均不中，又一次遭到清人的羞辱。

受降仪式结束后，李倧的世子因为要去沈阳当人质，被留在清军大营。几天后，皇太极撤兵北归，李倧出城10里送行。

朝鲜成了大清的藩属，大明失去了一个200多年的宗藩属国，明朝在关外的左膀右臂——蒙古、朝鲜——全丢了。