刘伯温传：安邦治国 万世奇才
清大学士张廷玉等奉敕修的《明史·列传第十六》云：
刘基字伯温，浙江青田人。曾祖濠仕宋，翰林掌书。宋亡，邑子林融倡义旅，事败，元遣使簿录其党，多连染。使道宿濠家，濠醉使者而焚其庐，籍悉毁。使者计无所出，乃为更其籍，连染者皆得免。基幼颖异，其师郑复初谓其父曰：君祖德厚，此子必大君之门。元至顺间，举进士，除高安丞，有廉直声，行省辟之，谢去。起为江浙儒学副提举，论御史失职，为台臣所阻，再投，劾归。
基博通经史，于书无不窥，尤精象维之学。西蜀赵天泽论江左人物，首称基，以为诸葛孔明俦也。
方国珍起海上，掠郡县，有司不能制。行省复辟基为元帅府都事，基议筑庆元诸城以逼贼，国珍气沮。及左丞托里特穆尔招谕国珍，基言方氏兄弟首乱不诛，无以惩后。国珍惧，厚赂基，基不受。国珍乃使人浮海至京贿用事者，遂诏抚国珍，授以官，而责基擅威福，羁管绍兴，方氏遂愈横。俄山寇蜂起，行省复辟基剿捕。与行院判舒穆噜伊逊守处州，经略使李国凤上其功，执政以方氏故抑之，授总管府判，不与兵事。
基遂弃官还青田，著《郁离子》以见志。时避方氏者争依基，基稍为部署，寇不敢犯。
及太祖下金华，定括苍，闻基及宋濂等名，以币聘，基未应。总制孙炎再制书固邀之，基始出。既至，陈时务十八策，太祖大喜，筑礼贤馆以处基等，宠礼甚至。
初，太祖以韩林儿称宋后，遥奉之。岁首，中书省设御座，行礼，基独不拜。曰："牧竖耳，奉之何为？"因见太祖，陈天命所在。太祖问征取计，基曰："士诚自守，虏不足虑，友谅劫主胁下，名号不正，地据上流，其心无日忘我，宜先图之。陈氏灭，张氏孤，一举可定。然后北向中原，王业可成也。"太祖大悦，曰："先生有至计，勿惜，尽言。"
好了，《明史》就先征引到此，再多便有抄袭之嫌了。应当承认，《明史》的可信度是很大的，有清一代，治学严谨，讲求考据，不肯一字无来历。奉敕编纂史书，绝不敢主观杜撰，清朝的大学士张廷玉与前明的刘基——刘伯温毫无瓜葛，更不可能暗中为其歌功颂德。所以，《明史》可以作为研究刘基的主要资料。
刘基（1311-1375）出生在一个既尚武又修文的家庭，际会于元明鼎革的特殊时代。
元武宗至大四年（公元1311年），刘基出生在江浙行省处州府青田县南田武阳村（今浙江省文成县南田镇岳梅乡武阳村）。此时，元王朝建立已四十年，蒙古贵族的军事早以结束，忽必烈灭宋而成"混一之基"，结束了三百多年来金瓯残缺，神州砥裂的局面。正如元朝建号的诏书中所说："舆图之广，历古所无"，元朝基本奠定了中华民族的版图，改变了北宋以来长期积弱不振的局面，促进了国内各民族间的经济文化交流和边疆开发。元朝是中华民族形成和发展史中的重要环节。但是，终元一朝，始终没有建立起稳固的统治，皇室的不断倾轧，错误的民族政策，政治经济管理的不善，阻碍了社会经济复苏和振兴，更兼朝政日渐腐败，皇室沉湎于淫乐，权臣将帅相互诛杀，不待农民起义，元王朝自身已难以支撑了。
刘基虽然远祖显贵，但自五世祖刘尧隐居不仕以后，家道渐衰，虽然如此，仍不失为南田山中的望族。刘基年幼即聪慧颖异，神智绝人，父辈的饱学，对刘基的教育、熏染尤甚。
祖辈积淀的丰富典藏，在没有公共图书馆，图书文化市场极度匮乏的时代，为刘基博览群书创造了极为难得的物质条件。加以其从小勤勉好学，使得幼年的刘基就已经打下了坚实的基础。
泰定元年（公元1324年），十三岁的刘基赴处州府治下的括城（今丽水附近）郡庠求学。
幼年的刘基第一次走出清幽的小天地，接触到众多师生，种种高谈阔论，眼界大扩，耳目为之一新。在括城读书，主要是习举业，研讨《春秋》等儒家经典。受永嘉、永康学派影响，刘基抱定了人世济世的信念，习举业而不忘学天文兵法战策，为以后成为一代帝师奠定了基础。在括求学期间，刘基受两个人的影响较深，一是郑复初，此人精通伊洛之学，望重当世，人称"四经师"，刘基向其学习了系统的理学；一是吴梅涧，吴梅涧（1281—1355）名自福，字梅涧。幼好黄老之术，父谓其骨根有仙源，社会上亦重仙佛，遂送入紫观修道。紫虚观在好溪之畔，少微山麓，距括城郡庠不远。吴梅涧在此师从著名道士学习《道德》、《黄庭》诸经，有大成，被天师授为崇德清修凝妙法师，令着金阑紫衣，主紫虚观达五十年。刘基学习之余，常去观中游玩，与吴交谈甚洽，遂成忘年之交。刘基一生传奇无数，与此间的机遇有很大关系。
泰定四年（公元1327年），十六岁的刘基进入更高一级的石门书院继续修习举业。石门书院位于青田县西七十里的石门山麓，为一道教胜地——石门洞天。双峰对峙，宛如石门，内中别有天地，四周山崖环抱，无隙可人，洞北殿阁峥嵘，青松郁郁，修篁森森。洞东南有飞泉瀑布，数十丈高的落差，碎玉飞琼，飘飘洒洒，更为此神仙府第增添神秘色彩。
至顺三年（公元1332年），二十一岁的刘基赴杭州参加江浙行省乡试，得中第十四名举人。转年，又赴大都（今北京）参加会试和殿试，得中第二十六名进士，汉人、南人第三甲第二十名。科举是读书人通往仕途的重要途径，许多人皓首穷经仍未能搏得一第，元朝民族歧视严重，科举铨选也是如此，榜分左右两种：蒙古、色目人为左榜，只考两场；汉人、南人为右榜，要考三场。刘基能够首搏中的，接连折桂，足以证明其天资聪慧，加以勤奋好学，更兼有良好的家庭熏染和名师的严教，方造就了一代奇才。
取得功名以后，便等补缺为官，至元二年（公元1336年），补为江西瑞州高安县丞。县丞，官名，始于秦，两汉沿置，典文书及仓狱，为县令辅佐。历代所置略同。品位为正八品。
文人初入仕途，无不摩拳擦掌，亟欲施展其政治抱负，以求上报国家朝廷，下济苍生百姓。
在文人眼里，朝廷即是国家，而不论是由谁主宰，是哪个民族统治。忠君即是爱国，报效朝廷即是爱国，济世拯民即是爱国，爱国即是己任。只有国家利益，而没有狭隘的民族主义或日种族主义。
刘基初入仕途之时，恰值元朝末，各种矛盾正在激化，一方面是统治者以横征暴敛维系其腐化堕落的生活，以高压政策维系其摇摇欲坠的统治；一方面是小民倒悬于水火之中，横征暴敛，杀戮焚掠，水旱风雹，地震海啸，飞蝗鼠患，饥馑瘟疫，天灾人祸大肆虐。社会秩序已近失去控制，各地造反起义时有发生。战乱引起的浩劫更加重了社会动荡，广大民众饱尝苦难，士大夫文人颠沛流离，豪门巨族也难逃浩劫。实际上已经到了朝代交替的时候。
贝琼在《送王子渊序》中说："海内兵变，江南北巨姓右族，不死沟壑，则奔窜散处。"在这场浩劫中，人命贱如草芥虫蚁，随时随地都有可能被踩碎在泥涂中。
残酷的现实，惨淡的人生，使有良心的人更富有同情心，关注人的命运，激发仁人志士悲天悯人的情怀，解救天下苍生的志向。刘基咏叹道："一民一物吾肺腑，仁者自是哀鳏恫。"
金秋时节，刘基从家乡青田出发，途经丽水、松阳、龙游、安江、衢州、沙溪、铅山，弋阳、南昌、直至高安。一路上，二十六岁的刘基即景抒怀，赋诗甚多，但从其初入仕途本不该有的抑郁基调中，似乎他已经预感到了仕途的艰辛。
鸡鸣发山驿，天黑路弥险。
烟树出狻声，风枝落萤点。
江秋气转炎，嶂湿云难敛。
伫立山雨来，客愁纷冉冉。
这种秋雨霪霏，客愁纷纷的画面，恰是其黯然心情的写照。但是，刘基非常人可比，他的政治抱负，品行气节，绝不因浊劣的社会环境而改变，他要在仕途中砥砺名节：
狭径非我由，周行直如发。
何当扬湛冽，尽洗贪浊肠。
为此，到任伊始，特作《官箴》以自勉：
治民奚先，字之以慈。
有顽弗迪，警之以威。
振惰奖勤，拯艰怠疲。
疾病颠连，我扶我持。
刘基在高安期间，以廉洁自律，发奸惩恶，不避强御而受百姓称颂。但是在政权已然腐败的情况下，又岂能容许刘基一人独善其身，刘基以一人之力又岂能改变大局？刘基秉公执法，为民除害之举，直接触忤了不法豪右，必遭他们的阴谋陷害。恰新昌州发生了一起命案，凶犯买通官府，判以误杀。原告不服，上诉至瑞州路，知府派刘基复审，使案情真相大白，凶手抵罪伏法，初审官罢官。但初审官和凶犯家属不甘失败，乃勾结刘基的上级县尹蒙族人达鲁花赤，企图陷害刘基。幸亏当时江西的行省大臣较为了解刘基，知其身单力孤，恶斗不起，遂将其调离瑞州高安，改任江西行省职官掾吏。掾吏属于一般文职人员，虽属平调，却没有实权了。刘基初仕江西，对元末官场有了切身的感受。不免产生有志难酬的愤懑，遂有了第一次的弃官归里，隐居力学，壮游山河的经历。
入仕之前，刘基主要是受儒家教育，但是现实生活远比按儒家思想所描绘理想图画复杂，巨大的差距，迫使他进一步祈求从书本中找出答案。于是，他又开始了三年的苦读生活。
至正年（公元1348年），刘基又回到杭州，任江浙行省儒学副提举，行省考试官，从事教育铨选之职。上任不久，行省监察御史渎职，刘基愤而举报。御史品秩比刘基高，刘基以下犯上，为沆瀣一气的官场所不容。刘基在遭到宪臣无理斥责后，又愤然辞职。在杭州闲居达四年。此间，刘基结交了不少博学耿介之士，亦有方外大德，隐世高人。为以后能有才华施展，奠定了不可或缺的基础。
此时，已是元朝末年，先后在各地爆发了不同规模的农民起义。较有影响的是方国珍、韩山童、刘福通、郭子兴、张士诚、陈友谅等人。
方国珍（1319—1374）台州黄岩（今浙江黄岩）人，名珍，字国珍。世以贩盐浮海为业。
至正八年（公元1348年）率众数千人人海，打劫元政府的漕运粮食，进攻浙东沿海。屡使被俘元官为其乞求官职，并遣人到大都贿赂当道，因而得任海道运粮漕运万户，割据温州、台州、庆元三路。至正二十七年降朱元璋。
韩山童（？一1366）元末农民起义首领。原为栾城（今属河北）人，其父因传授白莲教，被谪徙永年（今属河北）白鹿庄。他继续宣传教义，倡言天下将打乱，弥勒佛降生，明王出世。又宣传他是宋徽宗八世孙，当为中原之主。更揭发元蒙古贵族的残暴剥削，宣称"贫极江南，富夸塞北"，以鼓励治河民夫起义。至正十一年（公元1351年）他与刘福通等聚众，杀白马黑牛，以红巾为号，宣誓起义，他被推奉为明王，点燃了元末农民大起义的烈火。不久被捕牺牲。
刘福通原为颍州（今安徽阜阳）白莲教首领。曾参加韩山童领导的起义，失败后回乡组织起义军，以红巾为号，攻占朱皋，开仓济贫，陆续攻下罗山、上蔡、汝宁、息州、光州，众至十余万。至正十五年（公元1355年）迎山童子林儿到亳州（今安徽毫县），尊为小明王，国号宋，年号龙凤。自为枢密院平章，不久改为丞相。
郭子兴（？-1362）元末江淮地区红巾军首领。定远（今属安徽）人。地主出身。入白莲教，散财结客。至正十一年（公元1351年）与农民孙德崖等四人率众起义，次年攻克濠州（今安徽凤阳）。秋问彭大、赵均用等人因徐州失守，率军来会。他后因与彭、赵等不和，依靠朱元璋的支持，移驻滁州。十五年春在和阳（今安徽和县）病死。明初追封滁阳王。
陈友谅（1320—1363）元末沔阳（今属湖北）人。出身渔家，曾为县吏。参加徐寿辉红巾军，隶倪文俊为簿掾，渐升为元帅。至正十七年（公元1357年），文俊谋杀寿辉不成，他杀死朱元璋见刘基身材修伟，长须飘洒前胸，睛若灿星，开合之间，似能洞察人间一切，好一副仙风道骨。刘基见朱元璋面如重枣，龙眉凤目，不怒自威，确有领袖群伦之气概。文俊兼有其众，任平章。连克江西、福建诸地。两年后迎寿辉迁都江州（今江西九江），自立汉王。二十年夏，杀害寿辉，称帝，建都江州，国号汉，年号大义。次年朱元璋攻下江州，他退都武昌，寿辉旧部纷纷脱离，又屡为朱元璋所败，疆土日促。至正二十三年大败于鄱阳湖，在九江口中箭死。其子陈理继位，次年向朱元璋投降。
张士诚（1321—1367）元末泰州白驹场（今属江苏大丰）人，幼名九四，盐贩出身。至正十三年（公元1353年）与弟士德、士信率盐丁起兵，攻下高邮等地。次年称诚王，国号周，年号天佑；渡江攻下常熟、湖州、松江、常州等地，十六年定都平江（今江苏苏州）。
次年降元，受封为太尉，曾与方国珍从海上运粮，接济元都。后继续扩占土地，割据范围南到浙江绍兴，北到山东济宁，西到安徽北部，东到东海。至十三年攻安丰，杀红巾军领袖刘福通，自称吴王。后屡被朱元璋击败，二十七年秋平江城破，被俘至金陵（今江苏南京），自缢死。
作为生活在元朝时代的读书人，若非被逼无奈，谁肯铤而走险，甘冒杀头灭门的危险去造反。站在明的立场上，造元的反有理；站在元的立场上，造反无理。房屋破旧了，总是先努力修补，实在不行才会想到翻盖。此时此刻的刘基就属于努力修补之人。
至正十二年（公元1352年），江浙行省又任命刘基为浙东元帅府都事。都事，属于处理一般事务的官员。
至正十三年（公元1353年）三月，朝廷命令江浙行省左丞帖里帖木耳招抚方国珍，此时，刘基已改为江浙行省都事。刘基始终认为方氏兄弟是乱军首魁，应捕而杀之，以儆效尤。
当时左丞帖里帖木耳也力主剿捕，遂命刘基修撰议剿奏书，由其兄径呈朝廷。但因方国珍已用重金贿赂朝中权要而失败。朝廷授予方国珍徽州路治中一职，而力主剿捕的帖、刘二人则成了与方交易的牺牲品。以"擅作威福，伤朝廷好生之仁"的罪名，罢帖里帖木耳左丞之职，羁管刘基于绍兴。
至正十四年（公元1354年），刘基挈妇将子由台州至绍兴，居于城南宝林寺附近王原实家的南园，开始了三年的羁管。本欲以其雄心壮志，满腹经纶报效国家，却遭羁管，巨大的政治打击，使刘基发愤恸哭，呕血数升，几无生望。后经门人以孝道温言劝慰，才止住悲恸，却也因此留下病根。
幸羁管较为宽松，刘基仍可以交游，只是不许涉政，不许离开绍兴罢了。绍兴深厚的历史积淀，特有的人文、自然景观，渐渐慰藉了刘基心灵的创伤。随着时间的推移，局势的变幻，冷眼旁观的刘基对朝廷、对地方官吏有了更多的了解。
由于方国珍并未真正降附，元廷对方国珍的抚剿政策也发生了变化。至正十六年（公元1356年）二月，刘基复起用为行省都事。转年，又改任枢密院经历，与行省院判舒穆噜伊逊同守处州。此次起用，赋予的权力很大，可自募义兵，捕杀拒不受招的义军，刘基因之有了自己的亲兵武装。此间，刘、舒二人努力镇守处州，刘谋划，舒指挥，确保了一方平安。不久，本该因功受赏的刘基却被执政以方国珍一事故抑之，仅以儒学副提举的资格授为处州路总管府判，再不予兵权军事。
再一次的忠而见疑，使刘基对元廷彻底地绝望了。他愤然弃官归里，隐居青田。
此间，刘基韬光晦迹，暗中却打探各路义军动态，关注时局发展，试以推演，以求把握全局，掌握变化规律。在信息传输不畅，传言真伪难辨的情况下，刘基的努力确非常人能做到。也曾有人建议刘基起兵括苍，以成勾践之业。但根深蒂固的儒家教育，刘基只有忠心而绝无野心。忠君不成，就只有辅保明主了。放眼大江南北，诸多起义群雄中，唯朱元璋最具雄才大略，远见卓识，且其求贤若渴，或可为一试。
朱元璋（1328—1398）幼名重八，又名兴宗，字国瑞，濠州钟离（今安徽凤阳东）人。
出身贫苦，少时先为人放牛，后又在皇觉寺为僧。至正十二年（公元1352年）参加郭子兴部红巾军，韩林儿称帝时已任左副元帅。他幼时虽然上过几个月私塾，认识一些字，但不能撰写书信文契，与其红巾军大帅的地位极不相称。因之，每攻城掠地之后，朱元璋便急切访贤招隐。初取滁州，将儒士范常留置幕下；渡江攻占太平（今安徽当涂），延揽地方名儒陶安参赞军机；攻下徽州，采纳了耆儒朱升"高筑墙，广积粮，缓称王"的建议；攻克集庆，征辟夏煜、杨宪等十余人于军中。他们为朱元璋成就大业，进言献策，释疑解难，建树颇多。
至正十九年（公元1359年），朱元璋部将胡大海镇守宁越，改宁越府为金华府。经多方求访，知金华、处州一带有四位高人，人称浙东四先生，皆为国士，即青田刘基、金华宋濂、丽水叶琛、龙泉章溢。其中宋濂在金华既下后曾被朱元璋召见，并在知府王显宗开设的郡学中任五经讲师。处州既克，朱元璋命总制官孙炎礼聘四人同赴金陵。宋、叶、章欣然受聘，刘基则婉言谢辞。经孙炎写信固邀，刘基才受聘，四人同往应天去见朱元璋。
朱元璋见刘基身材修伟，长须飘洒前胸，睛若灿星，开合之间，似能洞察人间一切，好一副仙风道骨。刘基见朱元璋面如重枣，龙眉凤目，不怒自威，确有领袖群伦之气概。刘基此时已五十岁了，长朱元璋十七岁，二人乍见，均有相见恨晚之叹。朱元璋既虚心就教，刘基也侃侃而谈，将群雄逐鹿的形势作了全面分析，阔论各路人马的得失，高谈王霸之道，以数年之冷眼静观，提出当前急需着手解决的几个问题和如何应对之策，史称《时务十八策》。
滔滔之论，直抒胸臆，将数年之郁闷一扫而空，倾满腹经纶，尽售明主。朱元璋第一次听到如此全面透彻的分析，耳目为之一新，心胸更加宽广，更坚定了逐鹿之志。遂把酒筵宴，定君臣之生死契约，高筑馆阁，礼遇贤良之士。乃"以基为参谋，以濂为儒学提举，以溢与琛为营田司佥事。"朱元璋对刘基不呼其名，每以"先生"称之。刘基从此佐戎帷幄，由元廷之弃官，转换成明代帝师之角色，开始了新的政治军事生涯。
刘基一行到达应天不久，据有江西、湖广的陈友谅自恃军力强大，疆土广阔，乃挟徐寿辉率水军攻陷太平，更密令僭杀徐寿辉，自立为皇帝，国号汉，年号大义。至正二十年（公元1360年）夏，踌躇志满，不可一世的陈友谅又密谋张士诚会师进攻应天，欲一举置朱元璋于死地。张自度必为马前驱，尚不知能分一杯羹否，迟疑未应。陈自度实力雄厚，有无张士诚皆可，机不可失，时不我待，乃自率大军，从采石矶顺流东下，企图一举消灭朱元璋，剪除心腹大患。
朱元璋得报，急召高级军事将领与众谋士共商御敌之策。陈友谅本以水军称雄，此次尽倾其精锐，集混江龙、塞断江、撞倒山、江海鳌等大舰百余艘，艨艟战舰数百条，一路更大造其"投戈断江，舳舻千里"的声威。面对十倍于己的敌人，众人被吓得手足无措。一时，献城投降，纳款求和，弃城退守等种种灰色论调充斥大帐，鲜有力主战而胜之者。众皆惶惶，刘基独镇定自若，默然无语。朱元璋见状，乃独召刘基于密室，促膝前曰："先生何以教我？"
刘基首言主降及溃逃者皆当斩，他说："我北有元军，南有方国珍，东有张士诚，西临此陈友谅，无处可逃，无险可守，值此群雄鼎持之际，一溃即无法收拾，千古帝业遂化幻影；且持此论者置多年浴血奋战广大将士之前途于不顾，极尽搅乱军心之能事，实有百害而无一利，不斩何以稳定军心。帐前不言者，以己新来乍到，虽有君宠而无尺寸之功，恐犯众怒也。"
朱元璋闻言大喜，说："先生尽言，先生尽言，非先生无以教我，非先生无以救我。"刘基见朱元璋态度明朗，才继续说："倾库府，开至诚，以固士心。"他分析指出："若想胜利，须上下一致，军民同心，方能同仇敌忾。民心固，军心才能同。尽开库府，散财济贫，方能给平民以希望。民有望，才能誓死御敌，为我所用。"朱元璋也认同此理："与其弃城纳币献降，不如散财济贫力战，或有一博。"刘基则进一步，为他策划："敌我兵力悬殊，必使陈友谅骄纵轻敌，轻敌易败；劳师以袭远，兵疲力乏，必折上将军；陈友谅水军虽多，皆为乌合之众，精锐前锋一旦受挫，后继虽多，已属强弩之末，势不能穿缟。与其陈兵力拒，不如诱之深入而伏兵邀取之。以逸待劳，何患不克。"朱元璋听后鼓掌大笑："就依先生所言。昔刘皇叔有诸葛，今我得先生也。"
朱元璋知陈友谅之旧友康茂才在己军中，便设诈降计，由康修书给陈，佯为内应，引陈由江东桥进攻，以呼"老康"为号，即引兵焚其木桥，拆其江禁，放陈氏水军直扑应天城下。
朱元璋和刘基又派冯国胜、常遇春在石灰山旁设伏，徐达驻军南门外，杨璟驻军大胜港，张得胜、朱虎率水师龙江关外，朱元璋则携刘基等人居卢龙山指挥。
陈友谅果率军东下，到达大胜港时即受到杨璟军队的第一波攻击，小挫，不以为意。后直扑江东桥，当看到的是石桥而非木桥时，已觉不妙，又连连大呼"老康"，竞无人答应，情知中计，急令转军龙湾。数百艘战船拥挤在一处，已然混乱，却又要同时调头，谈何容易。
这时伏兵四起，朱元璋指挥大军杀到，自知不敌，陈友谅只得下令撤退。溃逃中，因退潮水浅，不得不将巨舰放弃，这样一来军心更加慌乱。朱元璋趁势掩杀，大胜。缴巨舰百艘，战船数百，俘虏两万余，并乘胜连克太平、安庆、信州、袁州。
由安庆向江州进军时，遭陈友谅顽强抵抗，亲临前线督战，以挽救败局。但刘基出奇计，将朱元璋的人马一分为二，一部分居前佯攻，一部分侧出奇袭。陈友谅正为眼前的大军头痛，又见探马飞报："后侧又有大批朱元璋的人马杀到，我军已不战自乱。"陈友谅虽想力挽败局，但深夜中人慌马乱，指挥不灵，只得弃城逃走。这一战朱元璋又获兵船百余艘，战马二千余匹，粮食数万斤，甲兵无数。江州一失守，龙兴、龙泉也相继脱离陈友谅归顺朱元璋。
因为这一战役以龙湾、江州为主要战场，故称之为龙江之役。
龙江之役使朱元璋实力大增，具备了与陈友谅由战略防御向战略进攻转换的能力。张士诚亦不敢西犯，东西夹击之势已不攻自破。
龙江之役是刘基归附朱元璋后的第一次正式亮相，正确的战略形势判断，杰出的战术指挥，显示了其卓绝的军事指挥才能，真正赢得了朱元璋及广大将士的信任，正式确立了第一谋士的地位，当之无愧地坐上了朱元璋帝师的宝座。
当朱、陈在江州、龙兴等地激战之时，北方的红巾军却极不乐观，转战在山东一带的红巾军在毛贵的率领下一度曾稳住阵脚，但因内部失和，内耗，被元军趁机战败，韩林儿只得退居安丰（今安徽寿县附近）以求自保。张士诚见有机可乘，竞不去攻元，反而派吕珍为先锋，率大军围安丰至城中粮尽。刘福通亟请朱元璋驰援。朱元璋亲率大将徐达、常遇春挥师北上。刘基力阻未果，朱元璋大军未至而城已破，刘福通战死。朱元璋打败吕珍，将韩林儿救出，置于滁州。
当朱元璋驰援北上时，果如刘基所料，陈友谅乘虚进攻洪都，以雪前耻。
陈友谅为雪前耻，已作了精心准备。他总结了经验教训，特造大船巨舰，高数丈共分三层，可容军数千人。如此巨舰在江上数百艘首尾相连，浩浩荡荡绵亘数十里，非常壮观。旌旗招展，戈盾相击，鼓角相闻，气壮如山。陈友谅倾国之力，亲率六十万大军前来，欲与朱元璋决一死战。
洪都，江西省旧南昌府的别称。因隋、唐、宋三代南昌曾为洪州治所，又为东南都会而得名。唐王勃《滕王阁序》："南昌故郡，洪都新府"。至正二十二年（公元1362年）江州攻克后，陈友谅所属江西行省丞相胡廷瑞、平章祝宗派使者郑仁杰到江州见朱元璋，提出愿献龙兴（今江西省南昌）以降，但须拥有其旧部，不受改编。朱元璋犹疑不决，"基从后蹋胡床，太祖悟，许之。"当下复信承诺。次年正月，朱元璋亲到龙兴受降，对胡、祝二人好言安抚，不夺其兵权。只改龙兴为洪都府，派叶琛为知府。此后，洪都曾几度易手。洪都原城墙是瞰江而建，陈友谅上次就是趁涨潮以大舰直迫城下而攻陷的。朱元璋收复后，汲取教训，将城墙后撤三十步（约50米）重建。
陈友谅乘兴而来，却发现闭门所造之巨舰根本到不了城下，只得弃船登岸，优势尽失。
守将朱文正有智有谋，自四月至七月，守城八十五天而未破。是时朱元璋之主力也攻庐州三月未下。而陈友谅部已攻占了吉安、临江、无为州等地。七月，朱元璋召徐达、常遇春部主力，亲率大军回救洪都。陈友谅则撤洪都之围，东出鄱阳湖迎战，从而开始了三十六天的朱、陈大决战。
两军首先在鄱阳湖以南的康郎山附近水域相遇。朱元璋与刘基同乘在指挥船上。朱元璋遥望陈友谅水军楼船密麻麻黑鸦鸦连成一片，有如群山远亘，不禁内心不安，乃虚心求教。刘基不慌不忙地说："竖子自壮声威，徒惹人笑。吾当效诸葛卧龙，火烧连营八百里。"
朱元璋说："其楼船尚未以铁链相连，奈之何？吾无老将军黄盖之人以计近袭，又奈之何？"
刘基笑慰道："楼船高且阔，一层失火，必焚其余。船大火大，船高火高，一船起火，必及其余。敌自恃船高舰阔，不怕与我近战。我军正好迫近以火攻之。君只需多备强弓火弩，游走快船，选果敢之士，我必以风壮君声威。"朱元璋深以为然。乃急集油脂火引，强弓劲弩。
刘基更命军械司效宋法，赶制大小火箭数十枚，内装火药，名日"火龙"。而诈以"没奈何"称之，唯恐泄密也，用以专攻陈友谅座船。
水面早晚有雾，有雾则无风。有风也早晚风向各异。因近康郎山，风势水势又有不同。
刘基乃暗访当地使船高手，细询捕鱼老翁，详查有关地方记载，终于选定了有利的开战日期。
据《明太祖实录》记载，七月二十二日下午：
"东北风起，上命以七舟载荻苇，置火药其中，束草为人，饰以甲胄，各持兵戟若斗敌者，令赶死士操之，备走舸于后。将迫敌舟，乘风纵火，风急火烈，须臾抵敌舟。其水寨舟数百艘悉被燔，烟焰涨天，湖水尽赤，死者过半。"
据目睹者后来讲述：东北风一起，朱元璋一声令下，万橹齐摇，百舸争发。及至陈友谅军前，始发声呐喊，擂鼓振威，有如巨灵神将发怒，亚赛天崩地裂。敌尽胆寒，我军死士已将荻苇点燃，及冲至敌巨舰楼船近旁，已如一团团烈火。敌舰首尾相连，调转失灵，面对扑天而来的大火，躲无可躲，逃无可逃，纷纷被燃着起火。随后冲至走舸更以火龙向楼船巨舰劲射，致敌船楼上楼下一齐着火，船左船右皆起烈焰。只见火借风势，风助火威，直烧得敌哭爹喊娘，再也无心恋战。不分官兵，不论勇怯，纷纷跳水逃生。刘基又命人齐将劲弓火弩向敌密集处疾射，作第二波攻击。使敌不被烈火烧死，亦被弓弩射死。血染江水尽赤，火烧江天皆红。敌空有楼船屹立如山，却奈何不得蚁附之游走小船。正是，敌方徒叹"没奈何"。我方笑论"没奈何"。同是没奈何，相差何其多也。
这一战，与三国时期的赤壁之战相比也毫不逊色。刘基巧借火攻，大获全胜。陈友谅两个弟弟友贵和友仁均因焚船而死，平章陈普略亦被烧死。楼船损失过半。元气大伤，决战血耻不成，更令气沮势颓。陈友谅只得收拢固守，以求喘息。
朱元璋虽获大胜，缴获却不多，皆因尽遭火焚之故也。两军相峙之势犹存，一时难以突破。刘基与朱升等人商议，以为非断其退路，绝其援军，截其策应，不足以致其性命。朱元璋亦深以为然。乃下令移师湖口。令常遇春、廖永忠诸将率水军横断湖面，以阻其归路；遣别将蕲州、兴国以绝其援军；朱文正率军至南康、都昌以绝其粮道；又于湖岸立栅以陆军策应水军。
陈友谅得报大惊，进退失据，此地实难以固守，只得拼死突围，欲奔还武昌，以待将来。
却陆路被阻，湖口被截，两种撤退方案相比，仗恃自己尚有楼船数十艘，水军较善水战，遂决定向湖口突围。
八月二十六日，陈友谅下令向湖口突围，不料争战中被劲弩一箭穿喉身死，众将士失去指挥，斗志全无。次日，陈荣等率五万余众向朱元璋投降。至此，鄱阳湖决战以朱元璋的彻底胜利而告终。
这次鄱阳湖决战，刘基功不可没。首先，针对敌强我弱的客观实际，提出强中有弱，弱中有强的观点，鼓舞了士气，给人以希望。其次，巧妙地运用了火攻，改进了火器，实现了以弱胜强，以小船打大船的战例。第三，适时提出了移军湖口的策略，为粉碎陈友谅最后的侥幸心理给予致命一击。确保了朱元璋将来的发展势不可阻挡。
此次战役还有一惊险一幕：据《明史·刘基传》载：
"太祖坐胡床督战，基侍侧。忽跃起大呼，趣太祖更舟。太祖仓卒徙别舸，未坐定，飞炮击旧所御舟立碎。"
此事一经《明史·刘基传》描述，一幅惊险刺激的画面立时展现在读谁知朱元璋与刘基及一行主要随员上得别船，尚惊魂未定，就听得天崩地裂的几声巨响，原先所乘之船已被陈友谅方飞来的炮火击得粉碎，水面只剩下一片漂浮着的碎木。者面前，请注意，这里用了几个时间性极强的词汇如"忽跃起"、"趣"、"仓卒"、"未坐定"、"立碎"等：
朱元璋与刘基正坐在同一艘指挥船上指挥作战，朱元璋坐在类似今天的沙发——矮脚胡床上，半依半靠，遥指前方，信心十足地对刘基正说着什么，刘基则微笑着侍立在朱元璋身旁，有问必答，面带微笑，一一给予解释……忽然，刘基收到了某种信息，预感到某种巨大的危险即将发生，便急切地要求朱元璋立即换乘别的战船。朱元璋虽然不明就里，但是经过几年相处，知刘基绝非荒诞鲁莽之人，事出必有因，便不多想，仓促地转移到别的船上，连胡床也未携带。谁知朱元璋与刘基及一行主要随员上得别船，尚惊魂未定，就听得天崩地裂的几声巨响，原先所乘之船已被陈友谅方飞来的炮火击得粉碎，水面只剩下一片漂浮着的碎木。朱元璋不禁被吓得目瞪口呆，惊出了一身冷汗。两眼呆呆地望着刘基，弄不清刘基究竟是怎样的一个人，竟然奇迹般地救了自己一条命……
刘基究竟是怎样一个人，为什么能救了自己和朱元璋及众人一条命？有几种解说：
一是经验说。刘基凭借经验预感到己船已被敌人注意，有被敌方炮火袭击的可能，所以要改乘别船。此说有一定道理，但无法解释忽跃起、趣、仓卒、尚未定、立碎等时间性极强的描述。
一是演绎时空隧道说。持此论者认为刘基从另一倒流的时光隧道中看到了座船被炮火击碎的场景，所以即令朱元璋改换座船。君不见，传说中的包龙图能日断阳，夜断阴，就是因为他或许可以出入两种时光隧道。
一是神仙说。真天子自有六龙护驾。刘基即是辅佐真命天子的星主下凡，所以能如此这般。
这种解释最为省力，一切常理解释不了的均可照此办理。
陈友谅死后，其子理、太尉张定边等拼死突得重围，退守武昌。朱元璋不给敌以喘息之机，大军追击围困武昌达六月之久，终于令陈理不得不衔璧肉袒，率张定边等出城投降。树倒猢狲散，汉、沔、岳诸郡县也相继归降。至年底，朱元璋已将陈友谅原先的势力范围全部囊括手中，为以后夺取全国胜利扫清了最大障碍。
陈友谅既灭，朱元璋称帝的问题就提到了议事日程上来；长期追随、浴血奋战之诸将亦想早日封将人相，取得正式名分。至正二十四年（公元1364年）正月，朱元璋即吴王位，置百官，规定品秩，设中书省，以李善长为右丞相，徐达为左丞相，常遇春、俞通海为平章政事，汪广洋为右司都事，张昶为左司都事。次年七月，设太史院，以刘基为太史院使。太史院和太史院使以现代的观点看来，似属闲职。但是就当时当世来说，要沟通天、地、人，代君王祈福天地，为百官趋吉避凶，查人世运程，观天道变换，求国运昌隆，非太史官员莫属。因之，刘基所掌是很重要的"闲职"。而以朱元璋的观点，刘基能掐会算，能预知祸福，此职非刘基不能担任。当然，朱元璋绝不会将实际权力很大的官职给予追随尚短，只知指手画脚，而无赫赫战功的刘基，那样势必导致长期追随的众将心理不平衡，于帝业就太危险了。作为一代开国君主，只有知人善任，善于调动每一个臣下的积极性，才能令众望所归。作为臣下，要有自知之明，不能矫功罔过；低调臣服，才能讨得君王喜欢，保得禄位长久。刘基由仕元廷的不得意，到现如今的贵为吴王朱元璋的帝师，早已证明了：我行，所以我能；在元廷的不得意不是因为我无能，而是彼元廷无识人之能耳。人争一口气，故刘基得掌太史令，也是满心欢喜。朱元璋仍然要刘基参与军机，以备顾问，刘基也就继续发挥其所长了。
自至正二十五年（公元1365年）十月至吴元年（公元1367年）九月，在近两年的时间里，朱元璋对东侧的张士诚发动了三次大规模的攻势，取江北，收湖州、杭州，终于在平江（今江苏苏州）将张士诚俘获，使榻侧终无他人安睡。
随即，朱元璋以朱亮祖、汤和等率水、陆大军向南征讨方国珍。年底，方国珍乞降。
至此，朱元璋已占据了南部半壁江山，那些富庶省份为朱元璋北伐提供了有力支持。
徐达、常遇春著名将领率大军北伐，所到之处，无不披靡，元军守将，纷纷献降。
此间，刘基常与朱元璋促膝密谈。刘基竭尽所能，从用兵之道，到治国之道，无不侃侃而谈。朱元璋后来回忆说："节此随军行，每于闲暇，数以孔子之言开导我心，故颇知古意。及将临敌境，尔乃昼夜仰观乾象，慎候风云，使三军避凶趋吉，数有贞利。"朱元璋绝非妄自菲薄之人，不会对臣下无中生有地乱加称赞，定是有所因而发。因此，可以断言，帝师刘基通过朱元璋对大明江山的深远影响，必将逐渐显现出来。
孔子学说中心点是"仁"。胡大海攻取浙东诸路时，朱元璋就严令将士"克城以武，安民以仁。"攻讨张士诚时，朱元璋饬令诸将"约束官兵，毋致掳掠，违者以军律论罪。"讨伐方国珍时，朱元璋也明令"三州之民疲困已甚，城下之日，毋杀一人。"徐达、常遇春北伐时，朱元璋令约束其属下将士"毋肆掳掠，毋妄杀戮，毋发丘垅，毋毁庐舍。"凡此种种，为朱元璋的军队树立了良好形象，为水深火热中的百姓带来希望曙光，致使大军所到之处，无不归降，极大地减少了战争给平民百姓带来的副作用。
同样，朱元璋也将仁运用到了敌方。如对平江城外张士诚母亲的坟墓，就下令"慎勿侵毁"。
传谕张士诚治下军民"无恐无畏，毋妄逃窜，毋废农业"。
在民族政策方面，朱元璋也体现了仁的思想。认为各个民族，无论蒙占、色目，"均同生天地之间"，凡"知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异"。其挥师北进，就是为了"使民皆得其所"。这种提法与汉人推翻蒙古人统治的狭隘民族观念不可同日而语。因此，山东、河南诸州县纷纷降附。
朱元璋之种种"颇知占意"的举措，恰恰证明了是帝师刘基"数以孔子之言开导我心"。
朱元璋以前之所以接受朱升"缓称王"的建议，是不愿意过早树敌，以积攒实力。今既称王，就要气势宏伟地大干一场，于是，新王朝的种种筹建工作便紧锣密鼓地进行了。文臣中以李善长、刘基、宋濂出力最多。刘基着力最多的有以下几方面：
定都建都。明朝都城是南京。南京以前名应天府，应天府以前叫集庆。集庆本为路名，天历二年（公元1329年）改建康路置。治所在上元、江宁（今南京市）。辖境相当今南京市及江宁、溧水、溧阳、高淳等地。至正十六年（公元1356年）为朱元璋所攻克，遂成为朱元璋的临时权力中心，改名为应天府。应天府原系六朝古都，有龙盘虎踞，力揽四方之势。历代繁华，早已具有城市规模。至正二十四年（公元1364年）在此即吴王位，建中书省，置百官，已初具都城规模。从秦朝就传说钟山有天子气，但是旧城距钟山尚有一段距离，朱元璋为使子子孙孙永沾天子气，乃"命刘基等卜地定作新宫于钟山之阳。"时至正二十六年（公元1366年）八月。刘基等人领命后，遂实地勘查，精心选址。经反复堪舆推论，至十二月才确定下来。
中国自古就讲究风水。堪舆学说并非空穴来风，而是人与自然相处要注意的必然结果。人从有巢氏的树居变为洞居穴居，进一步发展到地面居住，极大地扩展了自己的活动范围。此后如何在居住方面趋利避害，是人类本能的反应。人离不开水，逐水而居又须不为所害；人离不开风，又不能为风所苦。地震、火山爆发、水灾、山体滑坡等罕见的大规模自然灾害，平时容易发生的各种水火隐患，均是有心人注意和加以研究的问题。有心者以前代和当时的智慧，总结出各种规律性认识，乃形成堪舆学。附加的种种神秘色彩，只不过是自抬身价的外加包装罢了。
道家不等于堪舆家，但是与风水有很大关系。阴阳学说，五行学说，元燕论，均离不开风水地理。刘基爱好广泛，博学多闻，结交中亦有三教九流之人。刘基以平生所学，推论各种利害，终于达成最终方案，报请朱元璋批准。十二月，朱元璋"命有司营建宫社，立宫室。"
吴元年（公元1367年）九月，新宫落成。
《明太祖实录》对此有较为详细的记载：
"八月庚戌，朔。命拓应天（之）地。初，建康旧城西北控大江，东近白下门外，距钟山既阔远而旧。内在城中，因元南台为宫，稍庳隘，太祖乃命刘基等卜地，定作新宫于钟山之阳，在旧城东白下门之外二里许。故增筑新城，东北尽钟山之趾，延亘周迥凡五十里许，规制雄壮，尽据山川之胜焉。"
以今日眼光看，南京古城是我国现存规模最大的古城了。城池四周长旧说九十六华里，实际上是六十七华里。城墙平均高为十二米，宽为十至十八米。城高或许和休宁人朱升的"高筑墙，广积粮，缓称王"有关，但外城周长一百二十华里，十八座城门，内城十三座城门的设计绝对和刘基有关了。南京城之后的明代北京城的设计修建，很大程度上是受了南京城的影响，这是中国建筑史上公认的事实。
刘基为明朝开国做的第二件大事就是制定历法和律法。
在某些人看来，历法是可有可无的东西，每日按时工作学习就可以了。其实不然，历法和每个人都息息相关，比如，"按时"，按的什么"时"？这就涉及到授时，而授时恰恰属于历法范畴。用科学的语言说，历是为了配合人们日常生活需要，根据天象来连续计数时间的方式。
从人类实际生活需要来看，在天象中，当以一日、一月、一年最为密切，因而日、月、年是历法的基本要素。随着社会的发展，时也成为历法的基本要素之一。我国历来是农业大国，调和季节的闰月法以及便于农业生产安排的二十四节气法均属于我国独有的历法要素。我国历来讲求天人合一，历法不准，就谈不上天人合一。因此，每朝每代均须制定历法和不断修正历法。
历朝所设的太史监或日司天监、钦天监均是制定掌管历法的主管部门。吴元年（公元1367年）由刘基、高翼共同厘定的《戊申大统律》初步完成。该历因循了《授时历》。《授时历》颁行于元至元十八年（公元1281年），它是王洵、郭守敬等共同修订，而由郭守敬写成定稿的。元以前制定的历法，有八、九十种之多，其中最著名的当属《太初历》、《大衍历》和《授时历》。《太初历》假托于黄钟，《大衍历》附会于易象，唯有《授时历》是根据晷影，全凭实测，最接近实际，故应用时间最久。《戊申大统历》于《授时历》又有所突破，不牵合于律吕、卦爻，惟求合天。但是由于时代的原因，科学尚未发展到那一步，合天只是奢谈，因之《大统历》指出的交食往往不验，虽经多次修改，终没有根本的解决办法，及至明末传人西法，未及颁行而明已亡。
刘基是太史令，又博学多才，掌管制定历法乃属必然。而参与制定律法则属于朱元璋对刘基的倚重。
律法是人类社会进步的产物，是否依法治国而不以人治国，关系到国家兴衰，生民否泰。
法律是国民一切行为的准绳，王子犯法，与民同罪，是国家兴旺的标志，刑不上大夫，官官相护，有法不依，是国家衰败的开始。而律法又有不得随意更改的特性，否则将使人无所措手足。
故兴国之初，就应该把律法宽严的准绳掌握好。过严苛，有秦之前车；过宽弛，则元为鉴。故有明一代，谨慎定律，"草创于吴元年，更定于洪武六年，整齐于二十二年，至三十年始颁示天下"。前后经历了三十年的一个漫长的过程。故《大明律》是一部超越前古，启迪后代的重要法律文献，为历代法律研究者所珍重。虽然最初草创的文本已不可考，但其历史作用、功绩是不容抹杀的。刘基参加了初期的草创，又在任御史中丞和任台宪官时分别参与了对《大明律》的修订。虽说刘基并不是主要负责人，但是若说其是关键人物之一则绝无半点虚夸。
刘基所参与的建国工作主要的还有复兴科举，首倡军卫，纠劾百官，敷陈王道等。
人才问题，始终是一个组织、一种势力、一个国家的重要问题。朱元璋深深尝到了得人才者得天下的甜头。所以，在其初即吴王位时，便敕令中书省选民间二十五岁以上资性明敏，有学识才干者辟赴中书，与练达政事但精力既衰的年老者参用。即老中青三结合，选苗子，挂副职锻炼，然后扶上马，送一程。公元1368年建元洪武后，朱元璋对人才的渴求随着国家的需要而与日俱增。凡山林岩穴、草茅穷居之士，均可自荐自达于上，乃至天听。故致有由布衣而一步登天成为大僚者。此乃人才匮乏时的应急举措，而不能成为一种制度。遴选人才的科学方法，能成为制度的只有是人才考试。在当时来说，就是科举。科举首创于隋，光大于唐、宋。
元廷初起于马上，对人才遴选并非求贤若渴，纵是饱学之士，亦只能担任副职，正职必须由蒙族人担任，刘基之例是也。洪武三年（公元1370年），朱元璋与刘基商议，将唐、宋遴选士才的方法略加修改，以四书五经为试士内容。鉴于各地各级政府缺员较多，乃令各行省可自行连试三年，中举者可直接赴京遴选为官致仕，且尤以年少俊异为要。这种注重年龄而忽视其践履能力，实是明初科举的弊端之一。就其考试内容来看，初场考试经义二道题，《四书》义一道题；二场考论一道题；三场考策一道题。中试者，十日后尚需专试骑、射、书、算、律等五事，似在检验其实践能力。但人明不久就渐渐名存实亡了。八股文亦是明初的产物，亦称《时文》、《制义》或《制艺》，为科举考试时规定使用的文体。每一篇文章必须由破题、承题、起讲、人手、起股、中股、后股、束股共八部分组成，故称之为"八股文"。其制定之初衷，是为了取得统一的考试评判标准。即在统一考题、统一文章格局、统一评判标准面前，文章之优劣便可一目了然。八股文不失为一种较好的文章写作形式。但是长期只许这一种文章形式存在，不许其他文章构架的存在和发展，便窒息了人们的思考和思想。笔者曾亲见明板的全明状元试卷汇编，内中确有文笔洗练，言之有物的好文章，但也确有徒具形式而言之无物，词不达意的混样文章。刘基参与制定八股文章格式，竟然为后人留下思想枷锁，却是其所料不及。
首倡军卫亦是刘基为明朝的建立所作主要贡献。明朝初建于南，北元尚未完全灭亡，南北之间战事时紧时松。建国之初，百废待兴，朱元璋尚无可能一举全歼元军，因之，北方成了他掣肘之患。刘基仿照起自西魏、北周，延至隋、唐的府兵制度，建义朱元璋施行卫所兵制。即在京师和各地皆设卫所，数府划为一个防区设卫，下设千户所和百户所。五千六百人称卫，一千一百二十人称千户所，一百十二人称百户所；百户所设总旗二（每总旗辖五十人），小旗十（每小旗辖十人）。军士有军籍，世袭为军。平时大部分人屯田务农，小部分人驻防；军饷基本由屯田解决，节省了政府军费；战时全体转化为战斗人员。其军官卫称指挥使，称千户、百户。各卫所受各省都指挥使（都司）节制，统一由中央的五军都督府（都督）管辖。此举既藏兵于民，解决了平时和战时兵源转换的困难，又极大地节约了政府开支，故深受朱元璋赏识，成为有明一代主要的兵役形式。后因军官贪污屯田，军士破产，散失严重，训练缺乏，战斗力下降，渐为募兵制取代。此是后话。
参加朱元璋义军队伍的人员十分复杂，每个人所抱目的也各异。战争中环境恶劣，他们尚能团结一致对敌，以求大目标的实现。及至建国封官，转到和平环境以后，客观条件变了，每个人的私欲就会膨胀和显现。因此，如何驾驭百官，既能够发挥每个人的长处，又能够对每个人有所节制和约束，有利于长治久安，便是摆在朱元璋面前的严肃话题。朱元璋自立为吴王后，即设三府，"中书总政事，都督掌军旅，御史掌纠察"。在封刘基为太史院使后，又封他兼为资善大夫，御史中丞。时汤和、邓愈为左右御史大夫，主司御史台。但是其二人是"以武臣而位处文职"，仍需以战事为主。故实际上是刘基主司御史台事。在整肃吏治，劾除贪墨方面，刘基有不可替代作用。从处斩李彬一事可见一斑。
洪武元年（公元1368年）四月，朱元璋赴汴梁会诸将研究攻取大都诸事，行前单独接见刘基，嘱托其"督察奸恶以肃辇毂，虽内府之事亦宜纠举。"朱元璋走后，留李善长与刘基同守京师问政。不久，刘基发现中书都事李彬贪纵侮法，按律应处斩。但李彬是李善长的亲信，李善长希望刘基能法外施恩，把案子先压下来。刘基虽主张宽仁治国，但亦主张行法不避权贵，尤恶结党营私。李善长与朱元璋是儿女亲家，李善长又身为右相国，刘基不为所动，将李彬案情驰报朱元璋，得到了朱元璋的支持，终将李彬处斩。为此，刘基与以李善长为首的淮人集团结下怨仇，常遭人在朱元璋面前说长道短，终至朱元璋对刘基渐有微辞。
元朝末年，本来就灾荒不断，百姓久处水深火热，才有各地的农民起义。连年的争战，致使全国经济近于崩溃，人口锐减。如"烟花三月下扬州"这个历史上繁华已久的古城，在朱元璋大军攻克时，"城中居民仅余十八家"。朱元璋建国伊始，在一次与刘基研究治国之道时，刘基提出"生息之道在于宽仁"的主张，深得朱元璋的赏识。朱元璋更提出一系列具体措施与刘基商讨。不久，朱元璋就颁布了一系列法令以安定社会，奖励农耕，督修水利，移民垦荒，节用省民，严惩贪暴。予民生息的政策渐渐有了回报，不久便"百姓充实，府藏衍溢"。
国家初建，百废待兴，费用必巨，税收是国家财政来源的主要手段，税收的标准，既关系国力，也关系民生。税收过重，国家可富但不会持久；税收较轻，国力不足但藏富于民。刘基曾以家乡为例，谈及农民的苦衷："处州青田县，山多田少，百姓多于山上垒石作田，耕种农事甚难"。朱元璋本欲每亩加税五合（一斗十升，一升十合），见刘基所说甚为动容，特免青田县不加，说："令伯温乡里世世为美谈也"。刘基没有为天下百姓争得轻赋，只为家乡人民减轻少许负担，实是始料不及。面对朱元璋的特许，也只能莞尔一笑，谢主隆恩。这一年，是明洪武元年（公元1368年），刘基已五十八岁了。
建国伊始，百废待兴，事务性工作极多。刘基本适于出谋划策，而不耐琐事。加以身体渐感衰弱，早年被羁管绍兴时呕血数升留下的旧疾渐渐显现其影响，遂有归去之意。以李善长为首的淮西集团的暗中诋毁，朱元璋对待功臣的猜疑，均令刘基嗟叹"先生早赋归去来，石田茅屋荒苍苔"。
刘基虽然屡有奇谋，又救过朱元璋的命，但毕竟不是神仙，不可能事事预料准确。刘基讲究天人合一，一切天象异常，他都要从人身上找原因。机械式的推论，能应验者十之一二，不能应验者十之八九。起初，朱元璋尚诚惶诚恐，对刘基言听计从，惟恐天怒人怨，但渐渐也不以为然了，不再先生长先生短地称呼。刘基亦觉察出来，亦有急流勇退，见好就收之意。刘基六十岁那一年，明洪武三年（公元1370年），朱元璋加封刘基兼弘文馆学士，开国翊运守正文臣，资善大夫护军，诚意伯。特下《诚意伯诰》。转年，刘基乞归骸骨，功成身退，锦衣还乡。
朱元璋特赋诗《赠刘伯温》云：
妙策良才建朕都，
亡吴灭汉显英谟。
不居凤阁调金鼎，
却入云山炼云炉。
事业堪同商四老，
功劳卑贱管夷吾。
先生此去归何处，
朝入青山暮泛湖。
朱元璋读书不多，能将刘基比作刘邦请不动的商山四皓，辅佐齐桓公成霸业的管夷吾，如此评价刘基，亦属难能可贵了。朱元璋常将自己与刘邦相比，均以布衣而成马上皇帝。刘邦请不动商山四皓，而自己请出了刘基，以"先生"事之，终致自己建都立国。赞刘基之余，亦自夸有识人之能也。
刘基退隐山中，朱元璋与其互有书信往来，共商国事。刘基虽谨言慎行，终因小人陷诟，乃于六十三岁那年人京谢罪而不敢言归。二年以后，刘基病重，朱元璋特敕归老桑梓。一个月以后，刘基与世长辞。享年六十五岁。明正德九年（公元1514年），加赠为太师，谥"文成"。
刘基死因有三种说法：一曰朱元璋害死说；二曰胡惟庸挟医毒杀说；三曰寿终正寝说。因史无定论，笔者亦不敢下断语。留作将来有志史学之人去研究罢了。
刘基一生著作甚多：《郁离子》四卷、《覆瓿集》十卷、《写情集》二卷、《春秋明经》二卷、《犁眉公集》二卷。后人合而为一，日《诚意伯文集》二十卷，以其孙等人所撰《翊运录》冠为卷首，盖因其中录有诏、旨、制、敕之故也。纪晓岚编《四库全书》，将《翊运集》移至书尾，以正其讹。对于《诚意伯文集》，纪晓岚评价说：
基遭逢兴运，参予帷幄。秘计深谋，多所裨赞。世遂谬为前知。凡谶纬、数术之说，一切附会于基。神怪谬妄，无所不至。方技家递相荧惑，百无一真。
惟此一集，尚真出基手。其诗沉郁顿挫，自成一家，足与高启相抗。其文闳深肃括，亦宋濂主袆之亚。杨守陈《序》谓"子房之策不见词章，元龄之文仅见符檄。未见树开国之勋业，而兼传世之文章，可谓千古人豪。"斯言允矣。大抵其学问、智略如耶律楚材、刘秉忠，而文章则非二人所及也。
清朝时纪晓岚就已经指出，托刘基之名的伪书就有数种之多，皆属附会。如《烧饼歌》、《玉尺经解》、《灵城精义注》、《一粒粟》、《天文秘略》、《披肝沥胆》、《白猿经风雨占候》、《佐元直指图解》、《演禽图诀》、《国初礼贤录》、《百战奇略》、《八门会禽大全》、《大六壬银河棹注》、《火龙经》等。今人如果再将其神化，则是今不如昔了。
但是，也需要指出的是，对刘基的认识永远不会停止在一个水平上，科学地研究刘基，必会还历史本来面目。
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