刘基与朱元璋为什么会有矛盾？矛盾来自何方？
朱元璋与刘伯温关系恶化主要来自三大事件：
◎刘基与朱元璋之间关系的第一次缝隙——明初"李彬案"
第一件事情——明初"李彬案"。大明开国的洪武元年年中，徐达率领大明军北伐节节胜利，皇帝朱元璋赶赴汴梁，去考察那里作为都城的可行性，走前将南京城托付给了刘基和李善长共同管理。其中由李善长来管理日常的政务，刘基负责监察官场不正之风。鉴于"宋、元宽纵失天下，今宜肃纪纲"，刘基下"令御史纠劾无所避，宿卫宦侍有过者，皆启皇太子置之法，人惮其严。"
可就在这个档口，中书省都事（相当于宰相府秘书长）李彬将李善长搬进新宰相府后空出来的老宰相府改造成了一个高档的娱乐休闲场所，再把从张士诚那里俘来的娇姬美眷充当"三陪"小姐，并进行权色交易和买官卖官。这个案子在历史上被称作"李彬案"。若从案件的表象来看并不复杂，台面上的主角就是中书省都事李彬，但实际背景很复杂，李彬与李善长家公子关系很铁，又是李善长的心腹，且跟李善长的红人胡惟庸关系也很亲密，换句话来说，他是李善长为首淮右集团的中坚人物。
尽管台前人物李彬买官卖官做得很隐蔽，但还是给暗中监察的刘基手下的得力干将知道了（一说杨宪侦知），将此事报告给了刘基。刘基决定一查到底，并把侦查到的结果发加急书信，向正在北方视察的朱元璋汇报了此事，并请示如何处置。朱元璋下令："杀！"就在这个节骨眼上，大明第一人臣、淮右集团核心人物李善长从幕后走了出来，为李彬"打招呼"。刘基向来严格执法，刚正不阿，绝不通融，李善长只好另想办法。当时南京城及其周围地区出现了大旱，这在今天人们的眼里是件很普通的事情，但在相信天人感应的古代人看来，那可是异常的天象，人间肯定有什么地方不对劲，对罪了上苍。李善长就以此作为理由，请求刘伯温暂缓对李彬行刑。可刘基绝不买账，坚持按法执行，处决李彬。
李彬还挺讲哥儿们义气的，至死也没说出腐败窝案中的其他任何人，这对李善长为首的淮右集团来说真是天大的好事，关键人物死了，大家都可以躲过一劫了；相反，这事对案件的主管人刘基和杨宪等人来说却十分不利，他俩从此与丞相李善长为首的淮右集团结下了梁子（后来杨宪被李善长置身于死地，刘基被胡惟庸毒死，都充分地说明了问题）；同时通过这个案件充分表明了以丞相李善长为核心的淮右集团在新兴的大明帝国中占据绝对的优势和拥有相当大的影响。说实在的，在这个新兴帝国政权中，就连皇帝朱元璋本人跟淮右集团也有说不清道不明的关系。据《明史》记载，朱元璋回南京后，淮右集团的人不断地向他告状，一股脑地说刘基如何不好，如何霸道，假借皇帝的名望，任意胡为。告状的人多了，朱皇帝也就分不清是与非，但有一点他是肯定的，那就是绝不容忍底下人的权力超过他。于是人们看到，回到南京后的朱元璋不是去深查李彬案的背景，而是做了件令人一头雾水的事情：严斥刘基的不是。
以上是刘基与朱元璋之间关系第一次出现的缝隙或言隔阂。我们中国人最讲究人际关系，最难处理好的也就是人际关系的失和。因为一旦失和、翻脸了，就很难弥补和愈合，尤其是君臣关系，那就更不好处理了。而就在朱、刘之间第一次出现缝隙尚未来得及愈合之际，第二次缝隙或言隔阂又不期而至了。
◎第二次缝隙出现与隔阂的增大——刘伯温第一次"天灾人事"预言失验
第二次朱、刘缝隙或言隔阂起源于刘基的预言失验。朱元璋叫刘基任太史令，确实也是任人所长，刘基对自己的"专业"不仅很热衷，而且常常是乐此不疲。问题也就出在这里，朱元璋很迷信，尤其相信天人感应，而刘基也特别自信，相信自己的每次推算都能很正确、很灵验。殊不知这是一种反科学的高级迷信罢了，谈不上什么正确率，但有一定的巧合性，如果有一两次应验也属正常，但时间一长，自然会毛病百出，预说者与听者之间也不免会引起误解与矛盾。
明朝刚开国那几次灾害都让刘基给"算"准了，但对接下来的这次旱灾，刘基的推测就没那么运气了。却说当时天下大旱，朱元璋再次找到刘基，要他看看究竟是怎么回事。在经过一番观测与推算后，刘基禀告说："这次旱灾的起因有三个：第一，死亡将士的妻子们全被另行关着，人数约有几万，阴气郁积得很厉害；第二，南京城的工匠死亡得太多，至今他们的遗骸大多还没有入殓；第三，东吴张士诚手下投降过来的将士不该编入军户，否则有违于天下和气！"朱元璋一向很佩服刘基的"神测妙算"，这次听完"大神人"的指点后就一一纠正前失，该抚恤的就抚恤，该放回的就放回。
该做的都做了，但过了许多时日，老天还是照样大旱，未曾下过一滴雨水，这下可将朱元璋"逗"火了。而恰恰在这时，刘基得罪过的那些人又乘机蠢蠢欲动，逮住机会在皇帝面前拼命攻击刘基，由此刘基与朱元璋的隔阂更加增大了。
◎第三次缝隙出现与隔阂的增大——"营建中都"的争议
自洪武元年"李彬案"中无意间与淮右集团交上了手，刘基在大明朝廷内的处境并不佳，用今天话来说，他处于绝对劣势的少数派行列，在朱元璋政权中没有多少的亲和力。作为熟读经史之籍的著名文人，刘基不是不知道这一点，加上皇帝朱元璋对他的态度也大不如以前。文人的敏感性使得刘基本能地反应——及早地脱身朝廷这个是非窝。碰巧洪武元年（1368）八月，近60岁的刘基家中妻子过世了，他借口回家安葬，顺便向朱元璋提及，想从此归隐青田老家。从史书的记载来看，朱元璋似乎也没有执意要强留他。刘基心里到底如何，我们不得而知，想必也不会太好受。不过他这个人就是耿直，对大明帝国忠心耿耿。行前，向朱元璋道别，顺便不忘规劝皇帝，提醒要他注意两件事：第一，"凤阳虽帝乡，然非天子所都之地，虽已置中都，不宜居"；第二，明军在与元朝残余交战时千万不可轻视了扩廓帖木儿即王保保的部队。但志得意满又刚愎自用的朱元璋哪儿听得进去，就在刘基离开南京之际，他还送给刘基一首诗："妙策良才建朕都，亡吴灭汉显英谟。不居凤阁调金鼎，却入云山炼玉炉。事业堪同商四老，功劳卑贱管夷吾。先生此去归何处？朝入青山暮泛湖。"意思很明白，就是叫刘基在青田老家"朝入青山暮泛湖"，不要多管闲事。
再说回家后的刘基心灰意冷、情绪格外低落，下葬了妻子后，就在家里过了几天清闲的日子，本以为就此可以安度余生了。没想到几乎是要将自己撵回老家的洪武皇帝却突然间又急吼吼地召他回京。朱元璋之所以要急着召回刘基：一来是由于他在营造中都的事情上出了麻烦（前面讲的工匠"厌镇法"）；二来是由于徐达率领的明朝军队在与元朝残余扩廓帖木儿即王保保交战的过程中骄傲轻敌，吃了败仗。在这样非常的时刻，朱元璋如梦初醒，发现眼前所发生的一切，都让老军师刘基事先给说着了，于是越发觉得刘老先生了不起，随即发出手谕，让刘基迅速返回朝廷。
刘基回到了南京后，皇帝朱元璋不仅对他好生招待，赏赐甚厚，而且还给他加官晋爵，甚至要追封刘家上两代为永嘉郡公，但这一切都让刘基给一一谢绝了。
〇祸从口出——关于宰相人选的君臣对白
适逢此时皇帝朱元璋对淮右集团核心人物丞相李善长极为不满，想罢他的相位，于是就跟刘基探讨起继任宰相的人选。刘基听后极为公正地评价李善长，分析了李善长为相多年来所取得的政绩，认为他作为开国元勋，善于调和朝廷内外的各种矛盾，能力很强又能服众，是不可多得的人才。朱元璋听后十分耐人寻味地说道："李善长曾多次想加害于你，而你刘先生却如此公正无私地说出这番话？我实话告诉你，我想找个合适的人才接替他的相位。"刘基听后回答道："这换相如同屋子上换柱子啊，必须得用大木头，如果弄根小木头凑合地用，那房子肯定要倒塌的。"刘基的话太直露了，明白告诉朱元璋，若想镇住天下，必须找一个有大器之才的人来当宰相，否则是镇不住的！话已说到这个份上，但朱元璋是个极有个性的人，他最终还是将李善长的宰相之职给罢免了，想立杨宪继任为相，于是又征询刘基的看法了。虽然刘基与杨宪的个人关系不错，但当听说皇帝要拜杨宪为相时，他立马规劝道："这万万不可，虽然杨宪有当宰相的才能，但他却没有宰相的器量。做宰相的要有像水一样平的心态来看待一切事和人，要以国家的大义大理作为为政的根本，而自己又不能有什么偏心与私心啊，杨宪就不是这样的人。"朱元璋接着询问：汪广洋是否合适？刘基说："这人的肤浅完全超过了杨宪。"换句话来说，汪广洋还不如杨宪。接着朱元璋又询问起他心目中的第三个人选胡惟庸如何？刘基做了一个比喻，他说这人就像一只小牛犊，他有的是力气，给他一辆马车，他会奋力往前拉，直到把马车给毁坏掉。意思是说，胡惟庸功利心太强，什么样的事情都会做得出来，不可信任和重用。朱元璋接着又说了："我大明朝的宰相人选还真是没有人超过你刘先生！"刘基不假思索地说："我啊，不行，我这个人疾恶如仇，又不能忍受那种繁复的工作细务，如果叫我做宰相，恐怕要辜负了皇上您的一片圣恩了。不用担心天下没有人才，只要圣上您认真用心去寻找，总会找得到的。不过，目前这几个人真的都不是相才啊！"
从这历史性的君臣对话中折射出如下的信息：
第一，朱元璋对刘基还是挺信任的，否则怎么会与他商议丞相人选？
第二，朱元璋知道刘基与李善长他们不是一条道上的，却竟然说什么"李善长曾经多次想加害于你"之类的话，由此看来，皇帝出卖了李善长，同样他也有可能卖刘伯温。作为君主最起码的素质连一般"君子"水准都达不到，大明难有安宁！
第三，朱元璋向刘基透露了李善长的阴损，说明当时朱元璋对尽管罢了相（洪武四年）的淮右集团核心人物李善长所拥有的潜在实力及其影响还是有着充分认识的。
第四，尽管刘基看人的目光很准，说事论人也很公允，但最终洪武皇帝还是没听他的劝告。由此说来，朱元璋真正信任的还是淮右集团，压根儿就没把刘基的话当作一回事。接下来一个接一个的宰相变换没有一个是刘基认为合适的，事实上他们确实也差那么一点点。
第五，朱元璋曾想让刘基出任宰相，没想到遭到了谢绝。而刘基说话似乎也太过头了点，什么我这个人疾恶如仇，就算你的老冤家李善长被罢相了，朝中还有恶人和坏人啊？难道我大明朝就你刘基一个人是君子……就连今人听到这番言论也会往这个方向去想，更何况朱元璋是历史上有名的雄猜之主，刘基的话肯定不会给他留下太好的印象，而事后刘基的运气似乎一直都不佳，处境更为不妙。
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