自高丽臣服蒙元以来，元朝一直遵循成吉思汗时代草创的达鲁花赤制度，在高丽王国之内设置各级达鲁花赤进行监管。但随着形势的变化，这种较为宽松的统治方式已经渐渐不能满足需要了，特别是再次出兵讨伐日本的军事准备日益紧张，由大都发出的各项命令还要通过协调高丽王国才能传达贯彻，执行起来总有隔靴搔痒之感。帝国迫切地需要进一步加强对高丽这一前线基地的直接控制。

在这种情况下，至元十八年（1281），元朝在前一年设置征东元帅府的基础之上，设置了一整套统治机构，即征东行省。因为它事实上专管讨伐日本之事，所以它还有一个更为响亮的名字——日本行省！

日本远远没有臣服，将来征服日本之后进行统治的机构名称就已经早早地确立起来。如前所述，这是忽必烈的一种御下之术，就如同浙东、浙西都尚在南宋控制之中的时候，就已经设置了两浙大都督府，并让范文虎出任两浙大都督一样。

就建制层级和职官编制来说，征东行省与内地的其他行省完全没有两样。行省下设招讨司两个，以达鲁花赤兼任招讨使，处理地方军民事务。值得一提的是，元朝一般是在少数民族地区才设置招讨司这种官署。因此，可以说，元朝实际上已经将高丽人视为了帝国内部众多少数民族中的一支，而不认为是外国人了。行省又在庆尚、交州、全罗、忠清、西海各道分别设置劝课使，共五人，以组织屯田、劝课农桑为职责，着力解决高丽百姓、驻军及东征大军的吃饭问题。看来对于耕地有限的朝鲜人民来说，从古至今，吃饭问题都是首屈一指的大问题呀。

尽管如此，必须要弄明白的是，此时的征东行省并不是作为一个常设的地方一级政权组织而存在的，它只是因对日作战的需要而设立，也就是说，战争一结束它就得取消了。因此，可以把它理解为一个临时性的军事机构，这也是它在大军征讨日本铩羽而归之后“师还而罢”的原因。这种临时行省的设置并非蒙古人的创新，早在金朝后期的相关史籍里面，便记载有因为对外战争、平定叛乱而临时专设行省的先例了，只不过我们理解起来比较困难，因为有个思维定式存在——既然是“省”嘛，例如现在的四川省、湖南省等等，当然就是相对固定的最高级别的地方政府，古人“因事设省”的做法对身为现代人的我们来说反而属于新鲜事了。

征东行省在那段并不太长的时间里反复设立又反复废止。正因为征东行省是因为讨伐日本而设立，所以我们完全可以根据征东行省的设立与废除来探查元朝对日战争准备的几次高潮与低谷。

至元二十年（1283）应该是元朝第二次东征失败之后准备再次东征的第一个高潮。正月，忽必烈下令复置征东行省，要求高丽国筹备二十万石军粮以供大军使用，依然任命阿塔海为征东行省丞相，并发五卫军两万人前往朝鲜半岛南部待命。四月，因“高丽王王愖请以蒙古人同行省”，所以任命高丽国王兼任征东行省左丞相，与阿塔海一同规划东征事宜，并送给高丽军大量衣甲战具。从中可以看出，这次设立征东行省最初是以中央派遣的蒙古官员为行省长官的，后来在高丽国王的要求下，才由蒙古人与高丽人共同掌管行省事务。但不久之后，由于“民间骚动，盗贼窃发”，内部不稳，东征之事只得暂时搁置，征东行省也就解散了。

至元二十二年（1285）十月，元朝又把征东行省恢复了起来。仍然以阿塔海为左丞相，刘国杰、陈岩为左丞，洪茶丘为右丞，要求高丽方面发兵万人、船六百五十艘助战。这可以看成是元朝准备再次东征的第二个小高潮。不过，这次高潮很快就过去了。帝国在南方与交趾发生了战争，忽必烈说：“日本至少没有主动进攻我们，现在交趾犯边，应当暂且放下日本，专注于交趾的战事。”金口玉言一出，征东行省又被解散。

至元二十四年（1287），帝国东北爆发了蒙古诸侯王乃颜的叛乱，虽然叛乱很快就被平息，征东行省再次设立起来，元朝东征之事却陷于停滞，而这一次所设立的征东行省与以前的征东行省也有了质的不同。

五月，忽必烈任命高丽国王王愖为帝国的行尚书省平章政事。次年二月，又任命其为征东行尚书省左丞相。至元二十八年（1291）五月，又宣布王愖担任征东行中书省左丞相。在忽必烈死后的至元三十三年（1307）八月，当时的元朝皇帝铁穆耳又派使臣到高丽，宣布高丽国王王愖的新头衔为“开府仪同三司太尉征东行中书省左丞相上柱国高丽王”。

这个长达23个字的新头衔告诉了我们一个很重要的信息——王愖现在已经同时拥有了元帝国政治秩序内的三种身份！开府仪同三司和太尉虽然都是虚衔，但至少是一顶中央官员的帽子，而且还是一顶名誉上位极人臣的大帽子；征东行中书省左丞相则具有实际意义，表明他获得了处理行省内的一切军政大事的实际授权；最关键的是，王愖仍然是高丽国王，他在拥有元朝地方长官身份的同时，保留了属国藩王的身份，也就是说高丽王国并没有因为征东行省的设置而消失，朝鲜半岛作为一个特别行政区域实行了“省国并行”——高人治高，高度自治。再加上他的老婆本为元朝公主，他现在可以说是集中央官员、地方长官、属国国王、朝廷驸马四种身份于一身了。于公，是朝廷大员；于私，是皇族姻亲。

这个时代，先皇忽必烈讨平日本的宏伟计划早已被束之高阁，征东行省已经不再具有征讨日本的职能，而演变成了一种对朝鲜半岛实施羁縻统治的地方行政官署。从历史文献上的称呼来看，在此前的史籍里面征东行省经常被称为日本行省或征日本行省，而这之后就再没有了这样的称谓。

从被后人称为忠烈王的王愖开始，历代高丽国王即位之时都要同时接受元朝的双重委任——既要接受任命担任征东行省的行政长官，也要接受册封继承高丽国王的王位。也是从王愖与元成公主联姻开始，凡是成年的高丽国王都要迎娶蒙古公主为王妃，其后的忠宣王迎娶了蓟国大长公主，忠肃王先后迎娶了濮国公主以及曹国公主、庆华公主共三位公主，忠惠王迎娶了德宁公主，末代高丽国王恭愍王也与鲁国公主结亲，他们所生的后代大多也继任为高丽国王。并且，高丽世子在即位之前，也往往奉元朝皇帝之命到大都长期宿卫宫廷，或者长期居住，培养起了与元朝皇族浓厚的亲近感。

征东行省的反复废立以及职权的变化，折射出元帝国与高丽王国之间的激烈博弈以及当时帝国内外政治形势的急剧变化。元帝国虽然不便将其由内属国直接吞并消化吸收转化为单纯的地方州郡，却一直努力想按照内地行省的管理方式对朝鲜半岛进行管辖治理，在高丽王国治理结构之外另设一套治理机构正体现出架空高丽王室，进而直接统治半岛的尝试。与之相对的，高丽王国则一直致力于在不过分刺激中央朝廷的情况下维持和扩大自己的自主权。