1273年二月，襄阳陷落，元军终于攻破南宋的大门。与此同时，高丽的叛乱业已平息。在高丽和南宋的港湾里泊着数量庞大的战舰等待发动进攻。在忽必烈看来，征讨日本已万事俱备，就等一声令下。

征日联军开拔前夕的六月十八日，高丽国王王倎忧病暴亡，既定计划被打乱，使攻伐计划拖延到十月才成行。

十月三日，忽必烈命东征元帅凤州经略使忻都、由右副帅高丽军民总管洪茶丘和左副帅刘复亨率所部屯田军、女真军及水军共一万五千人（当时，南宋尚未完全灭亡，抽调不出更多兵力），组成东征大军，分乘大小船只九百艘从高丽合浦出发（今镇海湾马山浦附近），挥师东下，跨海五十公里抵达对马诸岛。

十月五日，元朝舰队出现在对马岛守军的视野内。对马岛的代官宗助国在少弍家的委派下，集合起岛上全部武士共八十余骑，仓皇迎战。战舰停靠在佐须浦，一千名元军登上码头，向宗助国率领几十骑试图拦阻。宗助国所率守军在阵容庞大的元军面前，并未发怵，奋勇迎战，“其时宗马允（助国）自阵中发射，其矢中异国人不知数”，“（元军）此中有骑马者四人，宗马次郎（助国子）向其先头乘苇毛马者右乳上射去，中箭落马，弥次郎亦射马，倒落者四人”。由于力量悬殊，孰败孰胜均在情理之中。只一天时间，便出现了战争的结果，日军被全歼，元军插立赤旗为标记。

十月十四日天快黑时，东征军抵达壹岐岛海面（日本福冈西对马海峡中），从两艘战船上下来四百余人跳上拔都鲁船，选择较为平缓的西海岸成功登陆。壹岐岛虽小，但并不能埋没其地理位置的重要性。早在平安时代，中大兄在岛上遍修烽火台和防御工事，以防御大唐或新罗的进攻。

壹岐岛的守军是少弍家的代官平景隆率百余骑，列阵于海岸上，企图阻止元军的进犯。高丽将领朴之亮率先冲上海岸，平景隆率骑兵英勇迎战。元军采用集团军兼密集战术，在使用弓箭、长矛的同时，把“铁炮”等化学武器也派上用场。日军根本招架不住，几个回合便溃败下来，退守城内，以逸待劳。翌日城破，代官平景隆等人自杀，日军防护失守。

元军的首战连连告捷，士气大振，于十月十六日，一鼓作气又连破平户岛、鹰岛、能古岛及西部沿海一带。每破一处，元军大开杀戒，对俘获的男子肆意杀戮，而获取的妇女则用铁索贯穿手心，穿成串系在战船的两侧。

对马、壹歧二岛沦陷的消息传至太宰府守护所，太宰府守护感到惊恐无比，立即派人将战况上奏幕府和朝廷，并且传檄九州各地的武士们为保卫家园而积极备战。由于连日暴雨，使得筑后国千年川大水频发，冲毁河道主要桥梁，使萨摩、大隅、日向、丰后、肥后方面的军兵不能顺利渡河，继而影响到九州日军的集结。幸亏御家人（将军的直属封臣）神代良忠指挥部下临时架起一座简易桥，才让日军各路兵力顺利渡河。

但是，联军并没有把握好有利战机，在肥前登陆向纵深进军，而是把主力转移向博多湾（今日本福冈附近）。十月十九日，东征联军舰队成功登陆博多湾，进逼今津，杀散海滨守军占领今津一带。由于今津一带地形不利于大部队作战，且距离太宰府（日本的指挥部）尚有一日的行程。于是，联军于当晚又撤到战船上，准备次日清晨重新抢滩登陆进攻太宰府。

二十日晨，金方庆所部的高丽军遭遇到日本幕府聚集少弍景资、大友赖泰、菊池武房、岛津久经、竹崎季长等的九州诸国部队总数约十万三千名大军抵抗。

征日联军都把新式武器派上战场，如涂抹着毒液的小箭矢及铁炮设备，日本武士闻所未闻，更不要说见过了。按照国内交战惯例（这种惯例是自杀式的，无论对方是多少人，都要在对方准备好后才主动进攻。首先是由一名武士单骑搦战，冲在前边，大队骑兵随后冲杀），日军首先向来袭的高丽军的阵势射出响箭，接着高丽联军“凭高鸣鼓，指挥兵士，进退应鼓声”。震耳欲聋的鼓声使日军战马受惊后嘶鸣着尥起蹶子，马背上的日军武士们抓紧缰绳才手忙脚乱地控制住受惊的战马，而失去有利还击的机会。兵刃相接时，联军避免与日军武士一对一单挑的战术，而是采取集团军作战方案，造成日军死伤惨重，节节败退。“为画一备，以承我（日军）冲击，左右回围之，协力合击。”可以预料，日本军队的这种战术开始时把联军吓了一跳，但一交锋，联军发现这些人都是虚架势，他们的作战技术不能与正规军队的作战技巧相提并论。孰胜孰败已一目了然，在百道原战场上，日军招架不住，被砍得“伏尸如麻”。再加上联军毒箭和铁炮的威胁，日军更是“气夺胆丧，惘然昏迷”，松浦一族死伤惨重，百道原的防御阵地被攻破。

日本许多史籍，均记载了元军与日本人作战的情况，《八幡愚童训》载：（元军登陆部队同日军作战时，元军操纵的）“飞铁炮，火光闪闪，声震如雷，使人肝胆俱裂，眼晕耳聋，茫然不知所措”。另外，《太平记》也描述了元军使用铁火炮轰击日本人的情景：“击鼓之恨，兵刀相接，抛射出球形铁炮，沿山坡而下，形如车轮，声震如霹雳，光闪似雷电，一次可发射二至三个弹丸，日本兵被烧害者多人，城上仓库着火，本应扑灭，但无暇顾及。”

随后，联军兵分两路，展开登陆战，一路向鸟饲进发，另一路向别府的松原挺进。元军将领忻都所率蒙、汉联军主力也在博多、箱崎一线登陆，占领岸边松林，从背后夹击与百道源元军作战的日军。该地守军大友赖泰的武士队伍十日并出，死伤惨重，向东南方向撤退。由于大友赖泰部队的撤退，导致与百道源元军作战的日军进退路穷，余部被迫向太宰府水城（前代建筑的一座巨大水坝）方向撤退。

十月二十日，联军与日军激战了一整天，天色向晚，元军先后占领了博多湾、箱崎等地，日军被迫全军撤退，但联军没留给日军撤退的机会，决定痛打落水狗。元军左副帅刘复亨简直杀红了眼，为了更好地追击逃遁的日军，居然跳下马来步战。少弍景资见他身披将服，便猜测极有可能是一位元军将领，便抱着试一试的态度射了他一箭。结果刘复亨中箭，联军被迫停止追击。在强悍善战的元军攻伐下，日军败退后，只得退守水城，联军把日方没有来得及逃跑的老幼妇女的一千五百余人全部杀掉。

日本一幅题为《蒙古袭来绘词》的画卷形象生动地描述了这次战争的局部情景。此画的主人是一位名叫竹崎季长的肥后国御家人，因在抗元战场上的特殊表现而获得丰厚的财产后便委托画家制作的一系列绘画，这些画作被粘贴在一起形成了两幅描述文永之战以及后来1281年入侵的卷轴画。前卷约成于文永之役后至弘安之役前的数年间，而后卷则绘于1293年，即弘安之役后十二年；绘画并非出自一人之手，但皆出身九州。绘词原有一套两份各二卷，后因两份皆残破，修补时唯有将两份四卷互补其缺，拼贴成完整的一套两卷，辗转流传。能幸存下来与其说是靠精心收藏倒不如说是靠运气，这幅画卷曾被抛入海中，画板上的胶水因此脱落，从而使精准的次序被打乱。打捞上来后，它们又被重新粘在一起，于1890年由大矢野家上献皇室，现藏东京千代田区宫内厅三之丸尚藏馆，成为研究元朝入侵日本的铁证，弥足珍贵。

画轴前卷（以粘贴后的顺序而言）显示，竹崎季长险些被从血流如注的战马上掀翻下来，而一颗13世纪的陶瓷爆破弹在头顶爆炸，火光四溅，当时，一个来自肥前省的御家人所率援军及时赶到，驱散元军，竹崎季长方无性命之忧。

画轴后卷（亦以粘贴后的顺序而言）最右端是执锐披铠的元军，画中锣鼓齐鸣之声盈盈入耳，在战船中央的旌旗下，元兵从头到脚，被鱼鳞状的金属片连缀在一起的铠甲保护的严丝合缝，与日兵的装束，形成鲜明的对比。

接下来，看看竹崎季长在抗元战斗中的突出表现。1274年十月二十日，竹崎季长擅自主张离开属于肥后国警备的箱崎地段，带着四名随从直奔战事正酣的博多。博多的指挥官少弍景资正积极备战，打算借助崎岖的地势，将来犯的元军引入峡谷之中聚而围歼。这时，竹崎季长一行五人赶赴那里，找到少弍景资言称到前线打头阵，便带着随从辗转于赤坂战场。正碰到肥后国的武士菊池武房一行斩获而归。求胜心切的竹崎季长见到在鹿原一带集结的元军时，大叫一声“弓箭之道，唯进得赏”，便迅速投入元军阵营。几乎毫无商量可言，元军诸将士纷纷搭弓射箭，转眼间，战马身中数箭，把竹崎季长掀翻在地。几个元军见状纷纷跑来欲取其首级，被肥前国御家人白石通泰率百余骑人马冲散了元军，竹崎季长和其他身负重伤的随从才捡得一命。

在文永之役中，像竹崎季长这样完全沉溺在个人荣誉中，无视集中化指挥，又缺乏战术策略，而逞一时之勇的鲁莽之士，在元军集团面前，无异于以卵击石。尽管竹崎季长凭借孔勇的表现，被日方树立为楷模，但其滑稽之举影响甚广，无数个“竹崎季长”在前线都利用猪突式战术袭击元军。

夜晚降临后，伤亡惨重的日军放弃了博多和箱崎两地，避开海滨退居到距海岸线只有十六公里的太宰府。尽管太宰府背靠一座小山，但很难阻挡已经熟稔攻城的元军的步伐。

当晚，在赤坂山上东征都元帅忻都的帅帐中，各路将领洪茶丘、金方庆，包括遭受箭伤的刘复亨等主要将领召开军事会议，研究元军下一步军事行动。尽管略有斩获，但联军（包括蒙军）对日本武士的勇猛之举颇有惧意，不过这并不可怕，可怕的是不知道日方究竟隐藏着多少个竹崎季长。

诸将众说纷纭，莫衷一是。在百道原之战中表现出色的高丽将领金方庆建议忻都、洪茶丘道：“我兵虽少，已入敌境，人自为战，即孟明焚舟、淮阴背水计也，请复决战。”然而，都元帅忻都则认为：“小敌之坚，大敌之擒，策疲兵入敌境，非完计也，不若班师。”对金方庆滋生嫉妒之心的忻都，宁可借故退兵，也不愿意让金方庆夺取头功，最终导致了这次征日行动的功亏一篑。

《元史》所载的联军退兵，是因为“至元十一年冬十月，入其国，败之。而官军不整，又矢尽，惟掳掠四境而归”，实为搪塞忽必烈的借口罢了。

于是，作为伐日前线最高将帅，忻都下令元军撤军。刘复亨因遭受箭伤，一时斗志全无，率先退到船上，躺在床上痛苦得要死，其他各路军陆续撤退。遗憾的是，上天有意阻止他们撤退。一场突如其来的风暴正在酝酿之中，一种不祥的气氛使忻都深感不安，这对元军而言是一个无比煎熬的夜晚。

日本岛国四面环海，除东北部沿海外，均被来自热带太平洋的暖流所环绕，也就是常说的黑潮，形成了较温和潮湿的海洋性季风气候。在每年八、九、十月间，岛国西部和南部常遭台风袭击；博多湾恰好正位于台风的袭击区内，恰好就在元军准备回国的最后时刻，台风也恰好赶到了。

当晚的博多湾，狂风怒号，巨浪滔天，大海如暴跳如雷的瘟神，向联军示威。为防范日本水军的骚扰，东征舰队收拢战线，使船与船之间紧紧相挨，结果在暴风巨浪的作用下，体型再庞大的船只也像一片树叶一样，上下飘飞，一会儿被举到浪尖，一会儿被抛向谷底。在惊涛骇浪之下，战舰相互碰撞挤压，致使很多战舰撞到礁石上，粉碎成木片。碰撞之音夹杂着海浪的咆哮声，宛如雷霆般轰鸣震耳。午夜后，台风渐停，但暴雨又至，加上海面上漆黑一片，联军大多数战舰醉汉般听任大海的摆布，不计其数的元军士兵在睡梦中被甩出舰舱，坠入冰冷的海水中，溺水而亡。

二十一日早晨的海面上，东征战舰变成一些凌乱的木片被海水推到海岸上，“战舰触岩崖多败”，高丽的左军指挥官金侁也落入海水中淹死。高丽方面的记载称“军不还者无虑万三千五百余人”。

第二天一早，日军在太宰府水城列阵，但不见联军进攻，派出士兵侦察，才知联军战舰在博多海面上遭遇台风的袭击，伤亡惨重。把军队开到海边，捕杀漏网之鱼的联军。于是，这些在台风中幸免于难的元军士兵的命运更加凄惨，手无寸铁，被海水折腾得上吐下泻，浑身乏力，几乎全成了日军的活靶子。被日军捕获的元军士兵，在水城附近被一一枭首。此役，元军死亡兵卒达一万三千五百人。发生在日本龟山天皇文水十一年，日本历史上称为“文水之役”。

分析东征舰队损失惨重的原因：首先是台风来袭；其次是高丽造船时，为赶进度，偷工减料，使用了不少旧船上拆卸下来的废物。后来考古学家对元军战舰的研究发现，元军战舰碎片上有“川船”的字样， “川船”就是平底的河船，河船平衡性太弱，在海里行驶时经不住海浪的撞击， 很容易翻船。

战舰之于海军，相当于战马之于骑兵，倘若哪天胯下的战马都变成猪羊，后果可想而知。如果战舰的质量过关，元军在第一次战役中横扫日本的把握极大。高丽将领金方庆因征日本有功，得到忽必烈的大加赏赐。