东江军在毛文龙被杀后，分成东西两部，刘兴祚与毛文龙旧将陈继盛各领一军。刘兴祚去宁远后，弟弟刘兴治接替他领兵。东江军内部派系林立，矛盾重重，朝廷一些人轻视东江军、歧视东江军的恶果显现出来。当时，连关宁军在关内都受到歧视，东江旧部的处境就更为艰难，新近从敌营反正归来的刘兴祚兄弟饱受怀疑、不被信任也就不足为奇了。刘兴祚战死后，在皮岛的刘兴治虽然得知了消息，却不知详情，这时有人从中挑拨，说刘兴祚的死是受人排挤所致，这触怒了刘兴治敏感的神经。

崇祯三年（1630）四月，刘兴治在岛上以为刘兴祚发丧为名，将前来凭吊的陈继盛等十余人以及孙承宗派驻岛上的文武官员二十余人杀害。消息传出，举朝震惊。朝廷派周文郁上岛劝抚，周文郁是袁崇焕的亲信，刘兴治也是袁崇焕的亲信，袁崇焕在双岛杀毛文龙时，刘兴治就是袁崇焕的侍卫。在周文郁的劝说下，刘兴治的头脑冷静下来，孙承宗也派人上岛安抚，刘兴治表示接受招抚，孙承宗仍令刘兴治守岛。九月，刘兴治率军登陆偷袭辽东凤凰城，朝廷得知后第一时间给予了嘉奖。

可惜好景不长，没过多久，崇祯四年（1631）三月，岛上又乱了。先是刘兴治的部将火并，接着家兵也发生内讧，刘兴治不得不下令出兵镇压家兵，彼此混战。参将沈世魁、副总兵张涛的不少家属被刘兴治的部下所杀，沈世魁、张涛带兵进攻刘兴治，刘兴治死于乱军之中，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾公开化并愈演愈烈。见局势失控，朝廷提升副总兵黄龙为皮岛总兵镇守东江。