从松山战败逃回来的总兵们，在忐忑地等了近一年后，以为他们总算可以逃过去了。正在他们暗自庆幸时，崇祯十六年（1643）七月初三，朝廷突然下令对松山战败的将军们进行追责。最先被清算的是王朴，谁让他是第一个带头跑的呢！处理结果也很符合崇祯皇帝的风格，斩首示众。

对马科、吴三桂的处罚算是轻的——戴罪立功，以观后效。毕竟，能打的战将越来越少，朝廷还要用他们，李辅明、白广恩被革职留任，3个月后，几位总兵就先后官复原职了。不复职不行，关外的形势已经火烧眉毛了。

此时，明军在山海关外只剩下前屯卫、中前所、中后所、宁远。

重新走上指挥岗位的总兵们经过研究决定，将各城四周的小屯堡归并，人员全部撤进四城。凭以往的战斗经验，这些小屯堡在战时顶不住清军的围攻，很容易被分割包围，起不到拱卫大城的作用。既然守不住，还不如主动撤退。

九月，吴三桂得到皇太极的死讯，并得知豪格跟多尔衮争位的消息，知道清军内部不稳，当即将这一好消息火速上报朝廷。虽然听说人家死了老大、内部互斗就兴奋，有点不地道，但考虑到双方的敌对关系，也能够理解这种心情。吴三桂也很乐观，认为“胡运将终”，大明报仇雪耻的机会来了。

朝廷得到奏报也长长舒了一口气，当即指示吴三桂，趁此良机赶紧组织部队，准备反攻。兵部更是直接给前线各位总兵发命令，告诉他们不要犹豫赶紧行动，立功封侯正在此时，军功章已经为你们做好了，就等你们凯旋了。

但明军不知道，此时清军也在做出征前的准备。九月十一日，新当选的摄政王济尔哈朗率领清军出发，九月二十四日便包围了中后所。九月二十五日，清军用大炮轰开城墙，随即蜂拥而入，中后所失守。接着，清军并不休整，连续攻击，九月二十九日，中前所失守。十月初一，前屯卫失守，辽东总兵李辅明战死，4000明军在与清军的肉搏巷战中阵亡。明军在辽东只剩下宁远。

清军连取三城，士气旺盛，济尔哈朗想乘胜一鼓作气攻取宁远。

清军知道吴三桂所部明军战斗力比较强，强攻不容易得手，便故意声东击西，扬言要越过宁远去攻山海关，并派一支清军越城而过，前锋部队甚至已经进到距山海关不到2里的欢喜岭。但吴三桂经验丰富并不上当，按兵不动。

十月初九，济尔哈朗见吴三桂不中计，不得不率6万清军返身杀回，以排山倒海之势直扑宁远。

吴三桂早在清军西进时就已经做好了准备，此刻正率军列阵城外严阵以待。吴三桂出城带了不少大炮，他将大炮藏在阵后，清军看不见，当清军骑兵发起冲锋时，明军突然开炮，密集的炮弹落在清军队伍里，清兵纷纷落马。被打得晕头转向的清军随即发炮还击，双方大炮对轰，但清军携带的弹药在进攻三城时已经用了不少，很快就弹药耗尽，只有挨打的份儿了。宁远城上的明军也开炮支援，构成远近高低的立体火网，清军不是对手，损兵折将，仓皇撤退。

就在吴三桂宁远小胜3天前的十月初六，农民军攻占潼关，孙传庭战死沙场，大明在关内的最后一支有战斗力的部队被击溃，陕西不久就全部失守，明军在关外、关内两个战场都遭遇大败。

十一月，朝廷决定将吴三桂的家属搬进北京。