凝胶层析法是一种“分子筛”分离法。利用凝胶使分子大小不同的物质得到分离。凝胶是具有许多孔隙的网状结构的固体，被分离的物质分子大小不同时，它们能够进入到凝胶内部的能力也不同。分子比孔隙小的可以进入凝胶内部，而比孔隙大的分子就不能进入。因此，在移动速度方面就发生了差异，而得以分离。