1243—1250年神圣罗马帝国—罗马教廷战争
教皇格列高利九世死后，帝国与教廷的战事稍事平息。在腓特烈二世去西西里期间教廷推选切莱斯廷四世(Celestine Ⅳ，卒于1241)为新教皇，但他在当选后仅17天便因年迈多病而去世。腓特烈属下的官员们趁机征服教皇国的残存领地。并准备从海路去攻打罗马的盟国热那亚(Genoa)和威尼斯(Venice)1243年，英诺森四世(Innocent Ⅳ，卒于1254)成为新教皇，腓特烈立即同英诺森谈判，并祈求新教皇撤销格列高利九世对他所判绝罚处分。但英诺森不信任腓特烈，逃离罗马，中断谈判。并派遣军队包围了独立的意大利城市维泰博(Viterbo)作为对腓特烈军队征服教皇国的报复。接着，英诺森又在伦巴第策划反对腓特烈的暴乱，1244年，英诺森进驻罗马，强迫腓特烈签订一个难以接受的和约。腓特烈则反其道而行之，迫使英诺森取道热那亚逃往里昂(Lyons)。是年底，英诺森宣布次年夏召开里昂会议，尽管腓特烈的军队封锁了通往法国的阿尔卑斯山(Alps)各隘口，但教会会议还是于1245年在里昂如期召开。这次会议严厉遣责腓特烈，宣布臣民可以自由背叛他，并以伪誓、渎职，异端嫌疑等罪名将他废黜，英诺森告诫德意志诺侯另选皇帝。1246年重新任命了一位德意志国王。与此同时，在教廷煽动下西西里发生了反对罗马帝国的叛乱，德国人亦起而反对僭称的国王。腓特烈的军队则于1245年洗劫维泰罗，进攻皮亚琴察，并于1246年在帕尔马(Parma)大败归尔甫派军队。1247年5月，帕尔马城又发生叛乱。1248年，腓特烈的军队长斯围困该城不克。翌年，腓特烈的军队又在托斯卡纳(Tuscany)失利，其子撒丁国王当了俘虏。但时隔不久，腓特烈扭转战局，又赢得胜利，平息了西西里的另一次叛乱，重占帕尔马。1250年，腓特烈去世，战事遂告结束。1259年，英诺森返回罗马，继续与腓特烈的继承者们作对。1254年他的教廷军队被帝国军队击败。不久，他本人也死于那不勒斯(Naples)。