1901年美国政府在菲律宾设立第二届菲律宾委员会，掌管菲律宾的行政和立法权，是美国统治菲律宾的文官政府。菲律宾委员会于1901年1月21日授权建立公共教育部，总部设于马尼拉。规定公立学校的初级教育免费，凡政府办的学校由公共教育部控制。公共教育部的管辖权只限于公立学校，1947年10月15日改称教育部，内设公立学校局、私立学校局、公共图书馆局、民族语言研究所和菲律宾历史委员会等，使教育部的权限扩大，成为管理公立和私立学校的教育行政机构。