1．区别：在化学变化中，分子可以分成原子，原子不能再分．
2．联系：(1)分子和原子都是构成物质的微小粒子．有些物质由分子构成，如氧气是由氧分子构成的，二氧化碳是由二氧化碳分子构成的；有些物质直接由原子构成，如氦气等稀有气体、铁等金属都是由原子直接构成的．(2)分子是由原子构成的，如1个水分子是由2个氢原子和1个氧原子构成的．